2011-05-01から1ヶ月間の記事一覧

距離が定める位相はこう引く?

距離空間は、任意の2点間に「距離」が定められていて、それが「距離らしいルール」にのっとっている空間 位相空間は距離空間を含む 位相空間では、台となる集合の「部分集合の集合」が定義されていて、それを位相と呼び、 台となる集合とこの位相とのペアが…

距離空間の位相の引き方

用語の由来

群環体がどうしてそういう用語で呼ばれるのかは、わかりにくい 調べものをすると、同様の疑問が散見される わかり易い答えはない 参考→数学用語の初出カタログ さて、自分が今、名前を付ける立場だったら、なんと呼ぶことにするだろうか? その用語は、1.…

メモ

群、トポロジーは、相互に入り組んでいて、「こことここをつなげて説明してほしいのに、こことあそこをつなげて説明してある」みたいな、ところがある 自分が気にするつながりをメモ 実数数直線は、0を含む等間隔の点の集合が加群 その加群で剰余類に分ける…

駆け足で読む『生物学のための群論入門』

生物学のための群論入門 (1970年)志方 守一朝倉書店発売日:1970ブクログでレビューを見る» 書きかけ 絶版書、1970年発行 著者は、京大理学部物理学科卒で、理学博士・工学博士・農学博士 よく調べてみれば、この本は、こちらでも紹介されている 目次 1.は…

細胞膜構造の「内」と「外」をRで扱うための考え事

こちらで、細胞生物学の基礎の輪読会に参加している この回は細胞の概論 細胞膜、細胞内膜構造、細胞内寄生膜構造(ミトコンドリアなど)が作る細胞内の区画をシミュレーションに乗せるには、どういうオブジェクトにするのが適当だろうか すっと思いつかないけ…

ぱらぱらめくる『ランダムネスのジャングル』

カオスと偶然の数学―ランダムネス、確率、そして複雑性へ作者: アイヴァースピーターソン,Ivars Peterson,今野紀雄,高橋佐良人出版社/メーカー: 白揚社発売日: 2000/09/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 11回この商品を含むブログ (3件) を見る 生物現…

ぱらぱらめくる『ランダムネスのジャングル』 第1章 ゲームと偶然

このシリーズの目次 連続して起きる確率 確率pの事象を繰り返し試行するとき、k回連続してk+1回目に起きない確率は これをと足し合わせるとその確率は1 ( したがって、k+1回続く確率はk回続く確率のp倍と、指数関数的に減少していく このことは、連続な時間…

情報を読み取る

エッセイを輪読することを5回実施した いつも、冒頭で『今日は何の話?』と訊ねている 返ってくる返事と期待した答は、かなり違う それはなぜか、と考える 繰り返しているのに、期待した答に変化してこないのはなぜか、とも考える 『何の話?』と訊ねるとき…

勝手に起きるまれなこと

ポアッソン配置について数か月ぶりに振り返る 関連記事はこちらやこちらも ポアッソン分布適合度検定についてはこちらにちらりと。 そして、ポアッソン分布の無時間性についてはこちら、か。 1次元空間に勝手に起きるまれなことは、ポアッソン分布。その間…

起きたイベントについて考察する

こちらから 戦争など、ヒトの故意や意図が絡んだ事件が起きるのは、偶然なのか、とか、原因があるのか、それをどうやって検証するのか、という話題 イベントを定義する、イベントとの関係を検証するその対象を定義することが必要 どうやって検証するにしろ、…

三角形の3辺を合わせる

正方形の対辺同士を貼り合わせて、正方形の「表」がトーラスになること、正六角形の対辺同士を貼り合わせて、「表」がトーラスになることを、昨日までの記事で示してきた。正三角形は辺の数が奇数だ。これだとどうなる? まず、2辺を貼り合わせる。 円錐の…

トーラス上の格子 三角形

こちらで、正方格子座標をトーラス上に描いた 今日は三角格子 まず、平面に三角格子を描き 3方向の平行線をトーラス上に描き 最後に3方向の平行線のすべてをトーラス上に色分けして描く 格子を描くのは、平行線の方向ベクトルとその法線ベクトルの格子を作…

トーラス上の三角形の敷き詰め

トーラス上の経線・緯線

こちらで、正方形の対辺を貼り合わせてできるトーラスを作った この正方形に格子座標があると、トーラス上にその対応格子ができる それを描こう 緯線のほとんどは水平方向の平行線だが、縦切りがあるのがわかる。それは、描図上のごみ 同じく、経線のほとん…

4角形の辺を貼り合せたトーラスに格子を描く

貼り合せ

Three-Dimensional Geometry and Topology (Princeton Mathematical Series)作者: William P. Thurston,Silvio Levy出版社/メーカー: Princeton Univ Pr発売日: 1997/01/17メディア: ハードカバー クリック: 5回この商品を含むブログ (3件) を見る 冒頭に正…

6角形の辺を貼り合せてトーラスを作る

実験系と解析系をつなぐためのコツを説明してみる

大学院実験系学生向け 特別講義(こちら) 実験系のデータ量はどんどん増えている 実験系が、解析系とデータを共有したり、解析系に頼らずに自前でハンドリングする必要も増えている 実験系で分量の多いデータを管理することが必要なのは言うまでもないけれど…

○○メソッド

こちらで、知らないコードを読む方法について書かれている 自分は、どうやって、人のコードを読んでいるだろうか? 読み始める前にしていること そのコード(プログラム)が何をするプログラムなのかを理解する 「何をする」は大きく2つに分けられる 何と何…

数式の扱い sympyをRで

R

ここで尤度比を扱っている 尤度比は、尤度1と尤度2の比(割り算)である 尤度の計算は、「場合分け」をして、それを足し合わせたりするので、式が整理統合されずに長くなっていく… たとえば尤度である。 これをRに処理してもらおう library(rSymPy) p<-Var…

気にしたことを忘れないでおくためだけのメモ

位数が素数pのべき乗(であるような群のことをp-群という 群の位数が素数ならば、その群は巡回群

データを読み取る

昨日の記事のある意味での続き 以下のような図等を読み取る、という課題を大学4年生、50人に実施した(こちら)。 ここの講堂に学生が着席している様子、こんな折れ線グラフ、こんなグラフ 学生さんの状況把握の意味合いもあった データを読み取ることができ…

メモ2

こちらからに、いわゆるコドン表があって、アミノ酸の化学的性質で色分けがしてある こちらでも紹介されているようにWikiにはコドン表をコドン「グラフ」にしてある グラフらしさを強調すればこんな感じ コドン表の方は、一片の長さが4の立方体を押しつぶし…

メモ

こちらから こちらで、パズルとデータは違う、という意見がある データの読み方はパズルのようだ、とも思える。そして「パズル」が解けたら、「解き方」を伝えたい。「解き方」を一般化しておきたい。データの読み方はそういう意味で、「パズルの解き方」の…

メモ

Extexded genetic codes(Wiki) コドン表の拡張についても言及された(こちら) 塩基3つ組とアミノ酸の対応がコドン表 分子レベルでは、塩基3つ組と aminoacyl tRNA synthetase とアミノ酸とが対応する もっと言うと、mRNA上の塩基3つ組(X)と、 aminoacyl …

ぱらぱらめくる『数学ガール 乱択アルゴリズム』

数学ガール/乱択アルゴリズム結城 浩ソフトバンククリエイティブ発売日:2011-03-02ブクログでレビューを見る» 登場人物が「僕」「ミルカ」「テトラ」「ユーリ」「リサ」とずいぶん、増えました。それはなぜ? 確率変数・確率密度分布 「標本空間」に「実数…

日本語フォント

R

こちら pdf(file="hoge.pdf",family="Japan1")

expression, parse(), eval()で数式を

R

hogeEx<-parse(text="2/3*x^3+sqrt(x)-x^4*cos(x)") evalWithVal<-function(x,exp){ eval(exp) } x<-seq(from=0,to=10,length.out=101) plot(x,evalWithVal(x=x,exp=hogeEx),type="l")

Rで数式に値を代入