多次元立方格子上の点の占拠状態を把握したい 点の座標からペアワイズの距離行列を作ることは容易 距離行列と格子をグラフとみなした場合の隣接行列との関係を確認しよう １辺の長さが１の場合で考える # 距離行列M、隣接行列E M <- E <- list() # 次元０＝…

こちらでFizzBuzz問題というのを扱われている こちらではFizzBuzz問題の背景について触れられている こちらでプログラムを組む群とプログラムを組まない群とが２峰性の分布を作る話がされている ２峰性を成す形質と１峰性を成す形質との、違いは何だろう？ …

Webページ内の検索をするために「Ctrl + F」を使ったら、『その使い方は何ですか？』と質問された さて、自分はどうやってこのショートカットキーを覚えたんだったか？ こんな記事もあった【ショートカットキー】90割の人「CTRL+F？なにそれ。そんなのキモオ…

化学量論 化学量論の数理生物学における位置(参考) 関連すること 化学量論行列と偏微分方程式(参考) 時空間解析と曲線(参考) システム生物学と逆問題(参考) 確率微分方程式 確率微分方程式とは(参考) 関連すること ランダムウォークとウィーナー過程(参考) R…

こちらでGraphletsの話を聞いた こちらの論文に図がある Graphlets(Wikiの記事)は、グラフの次数(ノードに連結しているエッジの本数)の一般化したものに関する定量化 ネットワーク奇跡のためのオープンソースプロジェクトCytospace Cytospaceの中のグラフレ…

Rを使うのに少し親切にしてあげるには、ということでTcl/Tkを使ってみるという案を教えていただいた やってみた(こちら、少しだけ動く、というレベル)

昨日の続き ノード数が同数の格子グラフを作るには、格子の次元と１辺の長さとを次のように定めることで可能 # L_s^{k_s} = (\prod_{i}^{n_i} u_i^{\prod_j^{n_j}k_j})^{k_s} # n_i = 1,u_1 = 2にして、n_j = 2にしk_1 =2, k_2 = 3,4,5などと振る # その上で…

グラフの固有値というのがあるそうだ 隣接行列と、それから(も計算できる)グラフのラプラシアン行列に定まるもので、第１固有値より第２のそれの方が意味があるとか PDFへのリンク１ Wikiのグラフの固有値 Rのパッケージigraphの中の固有値(とそれに基づくce…

こちらで円形２次元空間に、単位円を重なりがないように配置する話をしている 直径Rの円形空間に、直径1の単位円をN個配置したいという そもそも、そんな配置ができるのかを確かめるとすれば、をまず確認することもできる とすると、なので、十分かどうかは…

こちらで、知識をグラフ理論的に扱うために、グラフを階層化してみている まず、ノードのリストが与えられる 個々のノードをシングル・ノードのサブグラフと考える 知識は、(シングル・ノードの)サブグラフを複数取り出してそのサブグラフにペアワイズな関係…

グラフ・ネットワークがあって、そのサブグラフが２つあるとする ２つのサブグラフの間の関係を定量したい こちらで書いたことが目標だ まずは論文を探そう 生態学領域での手法の概説 生態学では、ある種の群・群落が大きさと広がりをもって、空間に点在して…

Windowsマシンを変えると、いろいろ、設定する必要がある Texを使おうと思えば、自動インストーラ案内のサイトなどを使わせていただくことになる（なんと楽になったことかと思う） さらに、ちょっと数式を書いてパワーポイントに貼ろうと思えばTex2imageとか…

前稿では、複数要素を２群に分けてスコアをつけるという判断方法で考えた そうしているかどうかの保証はない こんなやり方はどうだろうか？ 複数の要素がある。全部に順序をつけるのは難しいから、一部を取り出して、その中に順序をつける。一部の取り出し方…

こちらで、選択について書いた。選択肢には適切な数があって、その数は、６や７らしい。個人差はあるものの５から９とか この５から９とはどういう数なのか 今、n.sample個の比較対象があって、それらを「○、×」に分ける指標がn.axis個あるとする ○の数が一…

こちらやこちらで度数分布のことを書いた １０分割の度数分布とか、１００分割の度数分布とかっていうのは、１０進法表示のうち、上位何桁の違いを有効することにした上で、「同じ値」に扱われるレコードの数を数える、ということ では、多次元空間で、同様…

グラフは多次元データ それを２次元に描くためにノードの位置を定める必要がある 定め方が「グラフレイアウト」 Rのigraphパッケージでは、いくつかのレイアウト関数があって、２次元座標を返してくれるのだが… その座標を「適切に」画面に配置するためのル…

こちらで、木グラフ上の点の点間距離からMDSをすることを書いた 木であるということを利用してMDSするとどうなるだろうか 木であるということは、ノードからのエッジの生え方に偏りを与える理由がないということ 偏りがないということは、平等に生やすのがよ…

カーネル・トリックについて昨日書いた 簡単にまとめると、動かす前の測度から簡単に計算できるような測度を動かした後の測度として定義すると線形サポートベクターマシンに持ち込める、ということだった Rのe1071パッケージのsvm()関数では、動かす前の座標…

カーネル・トリックというのがある 非線形サポートベクターマシンの説明の一部として出てくることが多い(こちらに書いた多型とサバイバルの解析にもカーネルを使った処理が出てくる) 非線形サポートベクターマシンとカーネルトリックの話はこちらとこちらと…

こちらでサバイバルカーブを描いてみる話を聞いた １人、死亡が確認されるたびに、１段、下がるという階段線だと言う ただし、１段の段差は、そのときに「取り扱っている人数 分 の１」 適当に時刻データを作り、センサー情報も適当に作ると次のようになる n …

２つの「もの」がn次元ベクトルで表現されているとする それぞれをとする 空間の点と考えてユークリッド距離を計算すれば、 これは、n次元空間を描き、そこに２点を配置して、２点間の直線を引くことで図示ことができる 別の図示の方法としては、x軸とy軸と…