遺伝学・遺伝統計学関連の姉妹ブログ『ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ』
京都大学大学院医学研究科ゲノム医学センター統計遺伝学分野のWiki
講義・スライド
医学生物学と数学とプログラミングの三重学習を狙う学習ツール
駆け足で読む○○シリーズ
ぱらぱらめくるシリーズ
カシオの計算機
オンライン整数列大辞典

数式の扱い sympyをRで

R
  • ここで尤度比を扱っている
  • 尤度比は、尤度１と尤度２の比（割り算）である
  • 尤度の計算は、「場合分け」をして、それを足し合わせたりするので、式が整理統合されずに長くなっていく…
  • たとえば尤度L=\frac{1}{8}*2*p*q+\frac{1}{4}*p^2+\frac{1}{4}*2*p*qである。
  • これをRに処理してもらおう
library(rSymPy)
p<-Var("p")
q<-Var("q")
L<-1/8*2*p*q+1/4*p*p+1/4*2*q*p
print(L)
  • 結果
> L
[1] "0.75*p*q + 0.25*p**2"
  • これの背景はPython library for symbolic mathematics（こちら）
    • 式の因数分解とかもしてほしいのだけれど、それは装備されていないらしい。どちらかというと、「展開」が得意（展開の方が手でやるのも簡単だから、仕方ない）