pandocはいろいろなファイルの変換をしてくれるアプリ。texのpdf化もしてくれる sudo apt-get install pandoc texはxetexというのがあるらしい sudo apt-get install texlive-xetex

pythonはpython3.xを使うらしい。準備ができていてるのはpython2.x。どこまで2系でできるかやってみる Jupyter notebookではpython 2系、3系を使い分けられるようなので、いずれそれができるようにする 2系、3系だけでなく、pythonはいろいろな「セット(Anac…

Meshlab 3Dオブジェクトを操作させてくれるGUI。Windows,Mac,Linux OK(ダウンロード) 複数の3Dオブジェクトファイルを置換もできる(PLY,Obj等) ファイルフォーマット変換は あるファイルフォーマットで読み込んで、File -> Export Mesh As -> 保存ファイルの…

あれやこれや調べ物をしないと見つからなかった技法は、忘れてしまって再度調べようと思ったときにも時間がかかるので、今日の成果を、雑多にメモしておく 真偽一括 np.any(v==0) or np.any(u==0) np.any(np.isnan(v)) リストのdeep copy import copy newV =…

abc = np.array(np.arange(2*3*4)).reshape((2,3,4)) abc print(abc.sum(0)) print(abc.sum(1)) print(abc.sum(2)) print(abc.sum(0).sum(0)) print(abc.sum(0).sum(1)) print(abc.sum(1).sum(0)) print(abc.sum(1).sum(1)) print(abc.sum(2).sum(0)) print(…

球面にスカラー場があって、離散観察をしたとする その場は非負、総和が1 球面の点の間には測地線距離(角)が取れる メトリックスペースに非負総和１分布があれば、その間にWasserstein 距離が定まり、最小運搬コスト運搬行列も定まる pythonのPOTパッケージ…

3次元の位置を色識別するために、ルールを入れて色塗りしてみる # zは複素数のベクトル # int0,int1はintensityの上下限、sat0,sat1はSaturation(彩度)の上下限 my.hsv <- function(z,int0=0.6,sat0=0.3,int1=1,sat1=1){ # 複素数の偏角 arg <- Arg(z) s <- …

メモPDF Wasserstein distanceが定義されて 運搬行列が推定できるとする それを使って、複数のデータを「重ね合わせる(分布の運搬コスト最小で重ねる、という意味の重ね合わせ)」としたとき、すべてのデータへのWasserstein distanceの総和が最小になるよう…

Barycenter package Subgradient()関数 Sinkhorn's algorithm python paper Matrix Scalling全般の長いレビュー python コードの説明書き .. math:: \gamma = arg\min_\gamma <\gamma,M>_F + reg\cdot\Omega(\gamma) s.t. \gamma 1 = a \gamma^T 1= b \gamma…

以下のテキストファイルはRmd文書。その整形はこちらを参照 こちらにhtmlファイル 数理生物学のためのRメモ作者: ryamada発売日: 2017/02/28メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る --- title: "ILAS2017" author: "Ryo Yamada" date: "2017年…

こちらのpythonをRに直す a <- 2.8 * 10^(-4) b <- 5 * 10^(-3) tau <- 0.1 k <- -0.005 size <- 100 dx <- 2/size T <- 10.0 dt <- 0.9 * dx^2/2 n <- floor(T/dt) U <- matrix(runif(size^2),size,size) V <- matrix(runif(size^2),size,size) ctr <- 2:(s…