FASTQファイルをFASTAに変換 import sys from Bio import SeqIO SeqIO.convert(sys.argv[1], "fastq", sys.argv[2], "fasta") BioPython has a wiki and its article on SeqIO is here by RY for P-R-N meeting

次世代シークエンサーデータ を Ｒという統計パッケージでいじるためのサイトがあるので、これに沿って、好きな言語(Python)で扱ってみる。 手順 Short readsのNあり配列を除く 配列のユニークを取り、ユニークな配列ごとの配列数をカウントする Bowtieを使…

次世代シークエンサーのデータサンプルはこちらから取れるようだ。 ここで使っている配列データファイルの形式がFASTQ形式で、その説明はこちら 短い塩基の連なりとその塩基の一つ一つにクオリティ情報がついている １塩基に１文字のクオリティ情報をつける…