2011-05-11

メモ

MIKU

こちらから
こちらで、パズルとデータは違う、という意見がある
データの読み方はパズルのようだ、とも思える。そして「パズル」が解けたら、「解き方」を伝えたい。「解き方」を一般化しておきたい。データの読み方はそういう意味で、「パズルの解き方」の一般化だと思う。
さて、コドン表というデータパズルを読むことについて
コドン表は表である
コドン表の情報を伝達するにはどうすればよいだろうか？
わかりやすく説明するためによく使う枕詞は「小学生(中学生)に説明するとしたらどうする？」だ。今日は「宇宙人」に説明することにした
宇宙人には自然言語は通じない。徹底して数学(抽象)で話をすることになる
登場するのは「塩基」と「コーディングアミノ酸」
「塩基」は４種類、「コーディングアミノ酸」は２０種類で、「該当なしという『疑似アミノ酸』」を含めて、２１種類あることを前提にしよう
４種類と２１種類は、「カテゴリ」である
カテゴリと来たら順序のありなしが大事
塩基もアミノ酸も「簡単な順序」はない
順序のないカテゴリは、全部平等に扱うことになるか
それでは、データに構造がないので、「分類」するとよい
プリン・ピリミジン、結合の強いペア(GC)とそうでないペア
化学的性質でのアミノ酸分類、構造上のアミノ酸分類
４塩基はコドンという３つ組にする
６４通りのコドン。これも「フラット」に６４種類のカテゴリにしてしまうのも一つの手
「３つ組」の「３＝１，２，３」をどうするかを決めないと、宇宙人には話せない
「１，２，３」をすべて平等に(順序のないカテゴリで)扱うか？
順序を入れるか。入れるとしたら、１，２，３なのか、違う順序なのか。３ｘ２ｘ１＝６の順列。順序の昇降を気にしないなら、その半分の３通りの順序。
４種類の塩基。コドンという３という数字。６４通りのコドン。プリン・ピリミジンという２種類、２１種類のアミノ酸(疑似アミノ酸を含む)、いくつかの軸でのアミノ酸の分類。
もし、４(塩基)、３（トリオ）、２１（アミノ酸）という数字だけで説明して、それで「終わり」とするとしたら、それらの対応関係は「ランダム」だとして想像してくださいね、と宇宙人に告げることと同じ
もっと、その「ランダム」な状態より「偏っている」ことが透けて見えている。その「偏り」のうち、「意味のあると地球人と宇宙人とで共感し合える何か」は、「伝え」るべき内容。
たとえば、塩基の３並びのうち、第３番は、コドン-アミノ酸対応において、重要度が低い、とか。
どれくらい、伝えたいことに気付くか、その気づきに、有意であることの説明ができるか
宇宙人はその「偏り」の理由（分子生物学的説明、進化的説明、その他）に興味があるかもしれないし、ないかもしれないけれど、地球人はその理由に興味があることが多いように思う。
理由のうち、「事実のカタログ的集積」に興味があるのは、（従来型・博物学型の）生物学。「偏り」そのものの抽象的な構造に興味があるのが、数理生物学？→「グラフ理論の遺伝学における役割のその向こうには何がある？」という質問の答えになっていると良いのですが