数理生物学
ピュアな数学者に、考えているところの「生物学における数学」を説明するとしたらどうするかを考える 生物個体はStochasticな現象を階層的にコンパートメント化した上で、時間発展する系であり、その系は相当厳格に状態空間上の経路が定まっている 生物個体…
ピュアな数学者に、考えているところの「生物学における数学」を説明するとしたらどうするかを考える 「生物とは」 「生物」が作る「数学的な取り扱いを受けるべき時空間」について 「(古典的)物理的存在」としての「時空間」 「量子物理学レベル」の系、少…
その２の行列を引き受けつつ、PCAにて、軸変換によるデータマイニングに触れ、その流れでフーリエ変換という「視点変換」に触れ、「単純な処理」としての2法に対して、非線形という「別世界」の話題提供 Rmdファイルです。html化、epub化できます(やり方はこ…
その１「多因子の周期的定常状態」で登場した行列という話題を「グラフ理論」という話題に引き継いで、ネットワーク解析、生命科学におけるグラフ、少ないルールで複雑な構造を作るL-system、グラフの応用としてのベイジアンネットワークの臨床利用について…
Rmdファイルです。html化、epub化できます(やり方はこちら) htmlファイル # 医学のための数学〜医学概論2014〜その１ ## 多因子の周期的定常状態 ## 三角関数・微分方程式・指数関数・複素数・行列 ```{r,echo=FALSE} nI<-4 # 虚数固有値数 # 虚数とその共役…
高-大接続、数物-医学接続の強調が大事 多因子の周期的定常状態もしくはこちら 三角関数・微分方程式・指数関数・複素数・行列 行列からグラフへもしくはこちら ネットワーク解析、生命科学におけるグラフ、少ないルールで複雑な構造を作るL-system、グラフ…
2013年度マイコース関連用語 感染症 状態空間モデル 微分方程式 偏微分方程式 拡散 反応拡散系 波動 波動方程式 密度境界 屈折 極値 変曲点 鞍点 グラフ理論 格子 球面格子 フィボナッチ格子 酔歩 群知能 離散時間シミュレーション オブジェクト指向 隣接行…
４大学医学部生(福井・滋賀医・京都・神戸)の集まりがあった(こちらの一環) 医学研究を仕事にするまでの分岐について話す時間をもらった(こちら) しゃべり切れなかったこと 輪読こそ大学生の特権 教わらずに教えることで学ぶ(こちらの『モジュールを作って学…
ブログをつける効用の一つは、自分のブログを読まれる人が関連する記事を教えてくれること(陽に教えてくれる場合と陰に教えてくれる場合、明に教えてくれる場合と暗に教えてくれる場合と色々あるが) 数学で生命の謎を解く作者: イアン・スチュアート,Ian Ste…
化学量論 化学量論の数理生物学における位置(参考) 関連すること 化学量論行列と偏微分方程式(参考) 時空間解析と曲線(参考) システム生物学と逆問題(参考) 確率微分方程式 確率微分方程式とは(参考) 関連すること ランダムウォークとウィーナー過程(参考) R…
2011年度の数理生物学概論は、「『読み書きそろばん』のそろばんとしての数学＠医学」という感じ(こちら) 2012年度は、数理生物学っぽさを上げよう スライド(preziドラフト)(こちら)
空間に自動機械があって、活動・発展・繰り返しする仕組み 2. Cellular Systems 細胞の系 2.1 The Basic Ingredients 基礎的な構成要素 空間、時間、状態・状態セット、近傍、状態推移関数、境界条件、初期条件、終止条件 Quiescent state 休止状態 Neighbor…
単位構造から、限定的なルールのみを使って、複雑な構造を作りつつ、可塑性を持つ、集合体形成の仕組み 4. Developmental Systems 4.1 Potential Advantages of a Developmental Representation 発生という変化表出に見られる(人工知能的な)利点 小さくまと…
素子があって、相互作用のルールがあって、構造を作って、構造が機能を支える仕組み 3. Neural Systems Computational neuroscience 計算機を用いた神経科学 Neural engineering 機械制御 Baldwin effect? 3.1 Biological Nervous Systems Dendrites, axon, …
Bio-Inspired Artificial Intelligence: Theories, Methods, and Technologies (Intelligent Robotics and Autonomous Agents)作者: Dario Floreano,Claudio Mattiussi,Ronald C. Arkin出版社/メーカー: The MIT Press発売日: 2008/08/22メディア: ハードカ…
5. Immune Systems 矛盾をはらんだ問題に対処する仕組み(あらゆる可能性への備え、敵味方の区別、強力と危険とは表裏一体) 病原体とホスト 免疫系 人工的免疫系 5.1 How Biological Immune Systems Work 5.1.1 The Innate Immune System 先天免疫系 Pattern …
Bio-Inspired Artificial Intelligence: Theories, Methods, and Technologies (Intelligent Robotics and Autonomous Agents)作者: Dario Floreano,Claudio Mattiussi,Ronald C. Arkin出版社/メーカー: The MIT Press発売日: 2008/08/22メディア: ハードカ…
7. Collective Systems 個体が複数集まることで出現する仕組み 7.1 Biological Self-Organization Bifurcation 分岐 Stigmergy →こちら 7.1.1 Aggregation 7.1.2 Clustering 7.1.3 Nest Construction 7.1.4 Foraging 餌探索 7.1.5 Division of Labor 仕事の…
6. Behavioral Systems 生命体と環境との相互のやりとりが繰り返されておきる仕組み Autonomous robots 自立型ロボット 6.1 Behavior in Cognitive Science Enactive perceptions 受動的なものではなくて能動性・活動性を伴った感覚・知覚 Embodied cognitiv…
Laboratory Manual of Biomathematics作者: Raina Robeva,James R. Kirkwood出版社/メーカー: Academic Press発売日: 2007/08/28メディア: ペーパーバック クリック: 2回この商品を含むブログ (1件) を見る 前の記事の『An invitation to Biomathematics』の…
こちらの続き An Invitation to Biomathematics作者: Raina Robeva,James R. Kirkwood,Robin Lee Davies,Leon Farhy,Boris P. Kovatchev,Martin Straume,Michael L. Johnson出版社/メーカー: Academic Press発売日: 2007/09/11メディア: ハードカバー クリッ…
こちらの続き Wikpedia(日本語版)の記事(ここ)に書き込んで、英語版の記事(こちら)の翻訳を増やすことで、自分の知識を整理する(mediawiki(こちらで使用している)の記事の書き方も覚える) まずは「イントロ」。 ついで「重要事項」。 「研究領域」 計算機モ…
こちら 夏休みの宿題？ こちらへ続く
周期性データのことを扱っていて（こちらなど）、複数の周期がリンクしている状態をフラクタル的に取り扱ってみたところ。（こちら） また、複数要素が作るサイクルを作っているときに、個々の要素が周期的な変動をすることを考えていると、「複数要素が作る…
