PCクラスタ

PVMを利用

『超入門文書 http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/ 』の講義7 アプリケーションの並列化の例にあるソース2をたどって、PVMを用いたPCクラスタ用ソースの骨格を確認する。下記抜粋ソースは次のような構成になっているようである。1 pvm用…

5 均一多数回試行の割り振りによる並列処理

では、実際に簡単な並列処理をしてみる。一番簡単なのは niter回の繰り返し処理を nslave個のslavesに 割り振ることだろう Rmpi,snowを読み込む > library(Rmpi) > library(snow) 繰り返し処理としては、単純なものとして、2値(arg1,arg2)をとって、その入…

4 snow Rのクラスタハンドリングパッケージ

koiti_yano氏の記事をなぞる Rのパッケージ snow_0.2-1.tar.gzの入手 インストール # R CMD INSTALL snow_0.2-1.tar.gz * Installing *source* package 'snow' ... ** R ** inst ** help >>> Building/Updating help pages for package 'snow' Formats: text…

付 SPRNG,rsprngのインストール

Rにてsprngを動かすためのパッケージ rsprng (サイトはここ)のインストールが必要。その前段階として、Linuxでsprngが動くことが必要。そのパッケージがsprng2.0(サイトはここ)。 マルチプラットフォーム対応でLinuxにも対応しているはずだが、コンパイラエ…

Rの並列処理を目標にする

以前、PCクラスタに手を染めるための記事を書いた。RのWikiにRでの並列処理のページも出てきた。ひとまずの目標は、小規模クラスタを組んで、Rの単体マシンのプログラムを並列処理させてみることとする。まずは、ハードの勉強かと。 追記(2005/11/23)本…

3 LAM Rmpiが入ったところで動作確認

lamをとめて、ブートして、Rを立ち上げて、Rmpiパッケージを読み込んで、Rmpiの関数をいくつか使って、それぞれを閉じて、Rも閉じて、lamも止めている。途中Rmpiパッケージを読み込んだところで、エラー "rsprng package is not installed. Cannot use SPR…

2 Rmpiのインストール

Rmpiのインストール パッケージ Rmpi_0.4-9.tar.gzの入手 パッケージのインストール。コマンドとともにざーっとインストール画面が現れて終了 # R CMD INSTALL Rmpi_0.4-9.tar.gz * Installing *source* package 'Rmpi' ... Try to find mpi.h ... checking …

1 LMPのインストール

LMPのインストール マシン環境(Linux単体) PowerEdge 1600SC TurboLinux Server 8 この記事に沿って実施 lam-7.1.1.tar.gzを入手 /usr/local/bin/にインストール 動作確認 一般ユーザでユーザホームディレクトリにて、koiti_yano氏のこの記事に沿ってインス…

<講義2> MPIによる並列プログラミングの基礎

MPI(Messsage Passing Interface)とは プロセッサ間でメッセージを交換する方式(インターフェース) 2種 メッセージパッシング方式 データ並列方式 メッセージパッシング方式 2種 MPI(Message Passing Interface) PVM(Parallel Virtual Machine) MPIのインス…

<講義1> PCクラスタの作り方

PCクラスタの作り方 PCクラスタとは? いわゆるパソコン(PC)は、それぞれが単独に動くものだが、それらをネットワークでつないで、1つの処理を実行するように設定したシステムのこと PCクラスタの導入とは 要求計算機性能を満たすハードウェアを手に入れる …

<おわりに>

読了しての感想 できなくはないと思わせた、『PCクラスタ超入門2000』 の著者・編者はすばらしい

<講義10> SCore型クラスタ

紹介記事的な構成なので、割愛

<講義9> グローバルコンピューティング

グローバルコンピューティングとは 周囲にありほとんど遊んでいるPCを使う PCクラスタは占有的使用を前提としたハードウェア・ソフトウェア構築であるのに対し、グローバルコンピューティングでは、「あいているときだけ、所有者の迷惑にならないような配慮…

<講義8> 並列化手法のご紹介と,クラスタを組む上での各種Tips

並列化にあたって プログラミング対象の中から並列性の高い事象を抽出し並列にプログラミングする すでに1プロセッサ仕様で作られているプログラムを並列コンピュータに移植するべくプログラムしなおすこと=『並列化プログラム』 『並列化プログラム』のこつ…

<講義7> アプリケーションの並列化の例

並列化の例につき割愛 例は熱伝導方程式、遺伝的アルゴリズム

<講義6> 並列処理入門:PCクラスタに限らず並列処理に関するハード的・ソフト的概論

並列計算機の分類 命令系統とデータフローとで4分類する 命令系統1本・データフロー1本 命令系統複数本・データフロー1本 命令系統1本・データフロー複数本 命令系統複数本・データフロー複数本 並列計算機の構成方式 プロセッサ間のデータの授受方式・…

<講義5> ALINKA LCMを用いたPCクラスタシステムの構築

構築各論につき割愛 踏襲するとなったら、丁寧に参照することが有用です

<講義4> PCクラスタにおけるベンチマークとジョブ管理

+ベンチマークとは 計算機システムの性能の計測 ベンチマークの決定因子 個々のパーツの性能 パーツの組み合わせであるノードPCの性能 ノードPCのクラスタリングに伴う諸設定の性能 ベンチマークの種類:尺度はいろいろ マクロベンチマーク(総合評価用ベン…

<講義3> Diskless Cluster構築入門

Diskless Clusterとは 構成 サーバマシン1台と計算マシン複数台 サーバマシンがHDDを持つ、計算マシンは持たない(NFSなどでサーバマシンのHDDを参照する) カーネル・ファイルシステムはサーバマシンのみが持つ ネットワーク負荷が高くなりうる 計算マシンに…

はじめに

PCクラスタという単語は知っているけれども、その中味について全くしらない状態から、上記242ページの『超入門文書 http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/ 』を読んで、かいつまんで要点化してみる。それにより、新規にPCクラスタを導入する…