PCクラスタ
『超入門文書 http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/ 』の講義７ アプリケーションの並列化の例にあるソース２をたどって、PVMを用いたPCクラスタ用ソースの骨格を確認する。下記抜粋ソースは次のような構成になっているようである。１ pvm用…
では、実際に簡単な並列処理をしてみる。一番簡単なのは niter回の繰り返し処理を nslave個のslavesに 割り振ることだろう Rmpi,snowを読み込む > library(Rmpi) > library(snow) 繰り返し処理としては、単純なものとして、２値(arg1,arg2)をとって、その入…
koiti_yano氏の記事をなぞる Rのパッケージ snow_0.2-1.tar.gzの入手 インストール # R CMD INSTALL snow_0.2-1.tar.gz * Installing *source* package 'snow' ... ** R ** inst ** help >>> Building/Updating help pages for package 'snow' Formats: text…
Rにてsprngを動かすためのパッケージ rsprng (サイトはここ)のインストールが必要。その前段階として、Linuxでsprngが動くことが必要。そのパッケージがsprng2.0(サイトはここ)。 マルチプラットフォーム対応でLinuxにも対応しているはずだが、コンパイラエ…
以前、ＰＣクラスタに手を染めるための記事を書いた。ＲのWikiにＲでの並列処理のページも出てきた。ひとまずの目標は、小規模クラスタを組んで、Ｒの単体マシンのプログラムを並列処理させてみることとする。まずは、ハードの勉強かと。 追記(2005/11/23)本…
lamをとめて、ブートして、Ｒを立ち上げて、Rmpiパッケージを読み込んで、Rmpiの関数をいくつか使って、それぞれを閉じて、Ｒも閉じて、lamも止めている。途中Rmpiパッケージを読み込んだところで、エラー "rsprng package is not installed. Cannot use SPR…
Rmpiのインストール パッケージ Rmpi_0.4-9.tar.gzの入手 パッケージのインストール。コマンドとともにざーっとインストール画面が現れて終了 # R CMD INSTALL Rmpi_0.4-9.tar.gz * Installing *source* package 'Rmpi' ... Try to find mpi.h ... checking …
LMPのインストール マシン環境(Linux単体) PowerEdge 1600SC TurboLinux Server 8 この記事に沿って実施 lam-7.1.1.tar.gzを入手 /usr/local/bin/にインストール 動作確認 一般ユーザでユーザホームディレクトリにて、koiti_yano氏のこの記事に沿ってインス…
MPI(Messsage Passing Interface)とは プロセッサ間でメッセージを交換する方式(インターフェース) 2種 メッセージパッシング方式 データ並列方式 メッセージパッシング方式 2種 MPI(Message Passing Interface) PVM(Parallel Virtual Machine) MPIのインス…
PCクラスタの作り方 PCクラスタとは？ いわゆるパソコン(PC)は、それぞれが単独に動くものだが、それらをネットワークでつないで、１つの処理を実行するように設定したシステムのこと PCクラスタの導入とは 要求計算機性能を満たすハードウェアを手に入れる …
読了しての感想 できなくはないと思わせた、『PCクラスタ超入門2000』 の著者・編者はすばらしい
紹介記事的な構成なので、割愛
グローバルコンピューティングとは 周囲にありほとんど遊んでいるPCを使う PCクラスタは占有的使用を前提としたハードウェア・ソフトウェア構築であるのに対し、グローバルコンピューティングでは、「あいているときだけ、所有者の迷惑にならないような配慮…
並列化にあたって プログラミング対象の中から並列性の高い事象を抽出し並列にプログラミングする すでに1プロセッサ仕様で作られているプログラムを並列コンピュータに移植するべくプログラムしなおすこと=『並列化プログラム』 『並列化プログラム』のこつ…
並列化の例につき割愛 例は熱伝導方程式、遺伝的アルゴリズム
並列計算機の分類 命令系統とデータフローとで４分類する 命令系統１本・データフロー１本 命令系統複数本・データフロー１本 命令系統１本・データフロー複数本 命令系統複数本・データフロー複数本 並列計算機の構成方式 プロセッサ間のデータの授受方式・…
構築各論につき割愛 踏襲するとなったら、丁寧に参照することが有用です
＋ベンチマークとは 計算機システムの性能の計測 ベンチマークの決定因子 個々のパーツの性能 パーツの組み合わせであるノードPCの性能 ノードPCのクラスタリングに伴う諸設定の性能 ベンチマークの種類：尺度はいろいろ マクロベンチマーク(総合評価用ベン…
Diskless Clusterとは 構成 サーバマシン１台と計算マシン複数台 サーバマシンがHDDを持つ、計算マシンは持たない(NFSなどでサーバマシンのHDDを参照する) カーネル・ファイルシステムはサーバマシンのみが持つ ネットワーク負荷が高くなりうる 計算マシンに…
PCクラスタという単語は知っているけれども、その中味について全くしらない状態から、上記242ページの『超入門文書 http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/ 』を読んで、かいつまんで要点化してみる。それにより、新規にPCクラスタを導入する…
