先生が行列を使って歩数を表わしていたので… 一回のじゃんけんで、進む歩数の期待値が0以上ならその後1000回とかじゃんけんしたら勝てるだろう、ということにして、相手の手を1/3固定にしていたのをいろいろ動かしてみました。##################### library…

FASTQファイルをFASTAに変換 import sys from Bio import SeqIO SeqIO.convert(sys.argv[1], "fastq", sys.argv[2], "fasta") BioPython has a wiki and its article on SeqIO is here by RY for P-R-N meeting

sampleを使うか、先に長いベクトルを作っておくと速いですね。################################################## #sample関数 jan system.time( for(i in 1:1000){ a } )#長いベクトルを作成 b system.time( for(i in 1:1000){ for(i in 1:100){ b[i] } }…

by RY texファイルがdviファイルというのに変わったということですね。 dviファイルは、「絵」の形式のファイルで、dviファイルを「絵で見る」アプリケーションで開くと、「絵で見える」というものです。 dviではなくて、pdfファイルにまでするコマンドとか…

10-07-29 by NKMac に TeXを入れたい http://www.tug.org/mactex/2009/ から MacTeX.mpkg.zip をダウンロードした（HDがいっぱいらしくアプリケーションをすこしすてた） これは３０分から４０分でインストー完了したその後シェルで % platex sample.tex と…

こんなプログラムを作る library(MCMCpack) expectation<-(rdirichlet(1,c(1,1,1))) #出す手の割合を決める guriko<-function(n){ p<-c() for (i in 1:n){ if (runif(1)>expectation[1]+expectation[2]) {p<-c(p,2)} #gu else if (runif(1)>expectation[1]) …

雑誌をぱらぱらとめくっていたら「箱玉系(box and ball system)」という単語に行き当たった 関連する用語に「超離散(ultra-discrete)」という言葉があるらしい ソリトン(Wiki) ウェブ検索すると以下のようなものがあった。 箱玉系の数理というＰＤＦ アナロ…

which使ってうまく色分けできそうな臭いがしてきたのですが ##################### x<- matrix(a,100,4) col=c("purple","green","orange","red") cut<- c(1/4,2/4,3/4) xxx<- as.data.frame(x[which(x[,4]<cut[1]),c(1:3)]) yyy<- as.data.frame(x[which(x[,4]>=cut[1] & x[,4]<cut[2]),c(1:3)]) zzz<- as.data.frame(x[which(x[,4]>=cut[2] & x[,4]…</cut[2]),c(1:3)])></cut[1]),c(1:3)])>

確率と勝率を [,1] [,2] [,3] [,4] グ チ パ 勝率 [1,]0.33 0.33 0.33 0.50 [2,]・ ・ ・ ・ [3,]・ ・ ・ ・ と行列化して、[,4]で条件分けして3列目までをx,y,zでプロットしようとしてう〜んという感じなのですが plot(x,y,...)でどこにどうas.data.frame…

例えば、勝率>60%なら赤、<40%なら青、で描いてみようとしたとき、R-tipsを見て x<- runif(100) plot(x,col=ifelse(x>2/3,"red","blue")) で2色では描けるのですが、色を増やそうと思って plot(x,col=if(x>2/3,"red"),elseif(x>1/3,"blue"),else("green")) …

次世代シークエンサーデータ を Ｒという統計パッケージでいじるためのサイトがあるので、これに沿って、好きな言語(Python)で扱ってみる。 手順 Short readsのNあり配列を除く 配列のユニークを取り、ユニークな配列ごとの配列数をカウントする Bowtieを使…

環境を作ろう RでてふはSweave関数 RでてふはSweave関数2 3次元空間の回転の定義 正規直行基底 回転行列 掲載図の原図はこちら

ソースはテキストで書く グリコでは、グー・チョキ・パーの３つの手をある確率で出す。 ディリクレ分布を使う ３つの手を均等に出すときも、ディリクレ分布で表す まずは、相手の確率が均一、自分の確率は固定、としたときの勝率に関する調査 次いで、相手の…

次世代シークエンサーのデータサンプルはこちらから取れるようだ。 ここで使っている配列データファイルの形式がFASTQ形式で、その説明はこちら 短い塩基の連なりとその塩基の一つ一つにクオリティ情報がついている １塩基に１文字のクオリティ情報をつける…

３次元回転を記述するのに、４変数を使う。 四元数で回転 入門 四元数(クォータニオン)についてはこちらも コンピュータグラフィクスの立場から言うと、次元を増やす場合に限らないけれども、このサイトを閲覧うするもよし

こちらのＲ入門資料から、 ?Syntaxで、単項演算子(unary operators)と二項演算子(binary operators)の優先順位(precedence)が表示できる。 演算子に関する一般的な事項はこちら。 The following unary and binary operators are defined. They are listed in…

こちら

rpy2を使う ubuntuの場合 1. download a "rpy2-2.1.3.tar.gz" file 2. open a gnome-terminal and use following commands sudo aptitude install python-dev, r-base echo /usr/lib/R/lib/ > /etc/ld.so.conf.d/libr.conf sudo ldconfig tar vzxf rpy2-2.1.…

VTK visualization tool kit VTKを使ったＧＵＩ MayaVi