2015-11-01から1ヶ月間の記事一覧

{0,1}行列データ

個のサンプルがある 個々のサンプルは長さのベクトルでその要素は 通りのベクトルが作れる そこから個の相互に異なるサンプルを取る、その場合の数は この本の長0,1ベクトルを、0,1分岐木の「あり、なし」としてとらえ、ZDD表現するとする それは制約付き整…

ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

Handbook of Biomedical Imaging: Methodologies and Clinical Research (Lecture Notes in Computer Science)作者: Nikos Paragios,James Duncan,Nicholas Ayache出版社/メーカー: Springer発売日: 2015/04/01メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを…

Graph-based Deformable Image Registration

Physical Model Based Recovery of Displacement and Deformations from 3D Medical Images

Non-rigid registration using mutual information

Monte Carlo Sampling for the Segmentation of Tubular Stuctures

Integration of Topological Constraints in Medica Image Segmentation

Atlas-based Segmentation

Building Patient-Specific Physical and Physiological Computational Models from Medical Images ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

割愛

Statistical Computing on Non-Linear Spaces for Computational Anatomy ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

Computational Anatomy: Aims and Methods Mathematical bases of computing on manifolds The basic structure: the Riemannian metric Exponential chart Practical implementation Example of Metrics on Covariance matrices Statistical Computing on M…

Statistical Atlases ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

集計をとって「基準図譜」を作っておく、という方法 3D and 4D Deformable registration Multi-parametric statistics and group analysis Statistical analysis of scalar maps Statistical analysis of multi-parametric and multi-modal data Statistical…

Active Shape and Appearance Models ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

Statistical Shape Models Examples of shape models Active Shape Models Searching for Model Points Updating the Model Parameters Active Appearance Models Appearance Models Image Search Updating the parameters Choice of Features Shape AAMs Ot…

Geometric Deformable Models ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

変形させる Overvies Front evolution Topology Preservation Shape Priors GDMs with Topology Control GDMs Incorporating Shape Priors Fast GDMs Adaptive Grid GDMs Miscellaneous Multiple Objects Long-range Interactions Robust Optimization

KernelMethods in Medical Imaging ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

機械学習を使う。サポートベクターマシン、カーネル・リッジ・回帰、カーネルPCA Machine learning with kernels Basics Classification and Regression Loss function Duality between features and similarity measures Optimization problem over functio…

Curve Propagation, Level Set Methods and Grouping ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

事前情報を使って推定してセグメンテーションしたりすること。隠れているところについて決めるなども含む On the Propagation of Curves Level Set Method Optimisation and Level Set Methods Data-driven Segmentation Boundary-based Segmentation Region…

Fuzzy methods in medical imaging ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

Fuzzy set theory を持ち込んで、情報の確からしさに曖昧さを持ち込む。分類、セグメンテーション、解剖学的アイテムの認識などについての曖昧さを伴った判断に数学的根拠を提供してくれる Introduction Low-level processin Representation Fuzzy classific…

Object Segmentation and Markov Random Fields ぱらぱらめくる『Handbook of Biomedical Imaging Methodologies and Clinical Research』

セグメンテーションのアルゴリズムの一つにグラフカットがある グラフカット法はbinary Markov Random Firldsのグローバルな最適ラベル付け方法として位置づけられている セグメンテーションは、境界決めという作業である 古くからThreshold法、region growi…

ZDD分岐木を描図する

from graphillion import GraphSet import pickle from itertools import chain import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt # ユニバースの要素数nに # [(1,2),(2,3),...,(n-1,n)]というユニバースとする n = 50 universe = [] for i in range(…

ZDD分岐木を描図する

GraphillionのZDDデータ把持

PythonのGraphillionモジュールではユニバースと呼ぶ全体グラフを定めた上で、サブフラフの集合をZDDデータ構造として持つ その持ち方をしているのがGraphSetクラス それが実際にどういう持ち方をしているのかを確認したい 実際GraphSetクラスのオブジェクト…

ManjaroでGraphillion

こちらやこちらを参考に Manjaroのデフォルトpythonはpython3系だが、python2系でgraphillionを使ってみる sudo pacman -S python2-pip sudo pip2 install graphillion python2from graphillion import GraphSet GraphSet.set_universe( [(1, 2), (1, 4), (2…

gcc,g++

g++について オプション ライブラリ、インクルード libhogeというライブラリは -lhoge と指定する /hoge/hage/というディレクトリをインクルードパスとして指定するには -I/hoge/hage/ と指定する /hige/koge/というディレクトリをライブラリパスとして指定…

簡単なMakefileを読んでみる

昨日の記事でMakeについてぱらぱらめくってみた すこし、視界が開けてきた感じがするので、まったく読めなかったMakefileを眺めてみる パッとみただけで、結構、単純なMakefileにすぎないらしく見える ここから取れるmakefileの一つが以下である ###########…

ぱらぱらめくる『GNU make Version 3.77(日本語版)』

こちら 目次 makeの概要 Makefile入門 Makefileの記述 ルールの記述 ルール行でのコマンドの記述 変数の利用法 Makefileの条件分岐部分(割愛) テキスト変形関数(割愛) makeの実行方法 暗黙のルールの利用 その他 でもこの大部のマニュアルの前に、『慣習的な…

RのGUIを英語化する

R

Rをデフォルトインストールすると、日本語になる(昔は日本語がなかったけれど、楽になったものです…) でも、何かの拍子に英語版で使いたいこともある Windowsの場合、Rの起動ショートカットのリンク先に"C:\Program Files\R\R-3.2.2\Rgui.exe"とかと書いてあ…

ぱらぱらめくる『Automated Segmentation and Morphometry of Cell and Tissue Structures. SelectedAlgorithms in ImageJ』

ペイパー かきかけ

VTK-ITKでDICOMシリーズ画像をViewerに載せる

LinuxでQt4→VTK→ITKの順にインストールすることで、ITK入力の画像をVTK描図できるようになる(こちらにやり方) さて。こうしよう VolumeFromSlicesというITK exampleを使うと、数字で順序付けされたファイルを読み込んで、mhd形式というファイル形式でスライ…