細胞膜構造の「内」と「外」をRで扱うための考え事

• こちらで、細胞生物学の基礎の輪読会に参加している
• この回は細胞の概論
• 細胞膜、細胞内膜構造、細胞内寄生膜構造(ミトコンドリアなど)が作る細胞内の区画をシミュレーションに乗せるには、どういうオブジェクトにするのが適当だろうか
• すっと思いつかないけれど、応用が利きそうで、かなり気になる
• 条件は次の３つだけ？
  • 世界は、連続な部分空間と、その膜と呼ばれる境界のみからなるとする
  • 膜は、必ず、「閉じて」いる
  • 膜は分岐しない
• 部分空間を、膜をとする
• 部分空間の数を、膜の数をとする
• のとき
  • 空間は区画されず、全世界はつながっている
• のとき
  • 空間はによって囲まれた空間とその外側の空間との２つに分けられる
  • 細胞が１つだけ存在している場合に相当する
• のときで、膜によって区画され、内部に膜構造を持たないような構造(内部が無膜構造な膜構造)が個、全体空間に接することなく存在している状態
• のときで、全体空間から、切り取られる部分空間はただ１つであって、その部分空間を全体空間として、さらに、部分空間を１つだけ切り取り、その切り取られた部分空間を全体空間として…というように、入れ子構造のみがあるような場合
• 「膜構造」が並置される場合と、「入れ子」になる場合の、その組み合わせで記述できる、そして、どの場合も、なる関係になる
• これは、空間をノードで、膜をエッジで表したグラフとなり、その形状は「木」である
• また、この「木」について、ノードを隣接するノードに異なる色を塗ることにすると、「木」であるから、サイクルもなく、２色で塗り分けられる。この塗り分けにおいて、同色となったノードは、「膜」による「貪食」に関して、履歴上、同一起源であることもわかる
• さて、空間分けがうまく行ったら、今度はそこに、「膜通過」とか、膜連結、とかを入れていく必要が出てくる。それは、輪読会が進行したらまた考えよう