スライド githubサンプルコード reticulateでRからpython Reticulateでpython chainer

d <- 4 n1 <- 1000 n2 <- 2000 # ２つのベクトルセットの、ペアワイズ距離２乗 my.pairwiseL2 <- function(X,Y){ n1 <- length(X[,1]) n2 <- length(Y[,1]) XX <- rowSums(X^2) YY <- rowSums(Y^2) XY <- X %*% t(Y) XXX <- rep(XX,n2) YYY <- rep(YY,each=n…

Meshlab 3Dオブジェクトを操作させてくれるGUI。Windows,Mac,Linux OK(ダウンロード) 複数の3Dオブジェクトファイルを置換もできる(PLY,Obj等) ファイルフォーマット変換は あるファイルフォーマットで読み込んで、File -> Export Mesh As -> 保存ファイルの…

3次元の位置を色識別するために、ルールを入れて色塗りしてみる # zは複素数のベクトル # int0,int1はintensityの上下限、sat0,sat1はSaturation(彩度)の上下限 my.hsv <- function(z,int0=0.6,sat0=0.3,int1=1,sat1=1){ # 複素数の偏角 arg <- Arg(z) s <- …

Barycenter package Subgradient()関数 Sinkhorn's algorithm python paper Matrix Scalling全般の長いレビュー python コードの説明書き .. math:: \gamma = arg\min_\gamma <\gamma,M>_F + reg\cdot\Omega(\gamma) s.t. \gamma 1 = a \gamma^T 1= b \gamma…

以下のテキストファイルはRmd文書。その整形はこちらを参照 こちらにhtmlファイル 数理生物学のためのRメモ作者: ryamada発売日: 2017/02/28メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る --- title: "ILAS2017" author: "Ryo Yamada" date: "2017年…

こちらのpythonをRに直す a <- 2.8 * 10^(-4) b <- 5 * 10^(-3) tau <- 0.1 k <- -0.005 size <- 100 dx <- 2/size T <- 10.0 dt <- 0.9 * dx^2/2 n <- floor(T/dt) U <- matrix(runif(size^2),size,size) V <- matrix(runif(size^2),size,size) ctr <- 2:(s…

昨日は国立大学(前期)入学試験の初日。京都大学でも国語と数学の試験がありました。 こちらに数学の試験問題(と解答)があります 解説はお任せするとして、Rの練習課題として扱ってみましょう （１）複素数と複素数での変換の話 題意の通りにプロットしてみま…

こちらのkindleRコードをなぞってみる R notebookではpythonも使える(pythonが普通に動いている環境で〜Windowsとかだと特別な設定が必要、Linuxだと不要 LinuxのRにrglをインストールするときのトラブルメモ→こちら n <- 10 x <- sample(1:3,n,replace=TRUE…

ひさしぶりにとほほさんのお世話になる(こちら) ベクトル演算 n = 4 a = range(1,n+1) a = 1:n import math math.exp(reduce(add,[math.log(x) for x in a])) map(math.exp,(map(log,a))) math.factorial(a[-1]) ライブラリ・パッケージの関数 # library(mat…

pythonをRstudioで使うためにはRnotebookを使わないとだめかと思いましたが(こちら)、Rmarkdownで行けるようです こちらを真似してやってみる --- title: "pythontest" author: "ryamada" date: "2016年10月15日" output: html_document: default pdf_docume…

# 部屋の数 n <- 1000 # 追跡時刻数 n.t <- 1000 # 砂の量を記録する行列 X <- matrix(0,n.t,n) # 初期時刻の砂の量(高さ)をところどころに与える # m箇所に砂がある m <- n/10 # 砂のある場所 X[1,10:50] <- 10 X[1,200:300] <- 100 X[1,500:800] <- 50 # …

こちらに記事がある 四元数 を実部スカラーと、虚部ベクトルに分ける このときだという Rのonionパッケージには、四元数のログを取る関数log()があるので、四元数qの library(onion) my.exp.q <- function(q,t){ qt <- q *t a <- Re(qt) v <- Im(qt) v.len <…

２要素が作る微分方程式 p <- 1 q <- 1 r <- 1 s <- 1 n.time <- 1000 xs <- ys <- rep(0,n.time) xs[1] <- 2 ys[1] <- 1 delta.t <- 0.01 for(i in 2:n.time){ dx <- p * xs[i-1] -r *xs[i-1]*ys[i-1] dy <- s * xs[i-1] * ys[i-1] - s * ys[i-1] xs[i] <- …

まずは離散的な現象を… 時刻t=0に１個の細菌が、単位時間1ごとに2倍になるという max.t <- 20 xs <- rep(0,max.t+1) xs[1] <- 1 for(i in 1:max.t){ xs[i+1] <- 2 * xs[i] } plot(0:max.t,xs) 差分を取って同じことをする xs.2 <- rep(0,max.t+1) xs.2[1] <-…

で、に黄金角に近い値を用いて、n=1,2,...で打点する。 その点分布に対してボロノイ図を描く n <- 200 # 点の数 x <- (1+sqrt(5))/2 # 黄金比 delta <- 0.1 # 黄金比からちょっとずらす phi <- 2*pi * (x + delta) # 黄金角 x <- sqrt(1:n) * cos((1:n) * ph…

昨日、二次試験前期の第一日目があり、数学の試験問題がウェブ上に出ました(こちら) Rでなぞってみます (1) n >= 2 自然数。のにおける最大値をとする。を求めよ。を求めよ #n <- 2^(seq(from=1,to=10,length=100)) n <- seq(from=2,to=1000,length=10000) t…

Rの最新版をインストールしたり Rのバージョン更新をしたりするパッケージ いわゆるRのGUI画面から、 library(installr) updateR() # installr() として、あとは、プロンプトに(基本はデフォルトで)返事をするだけ パッケージの自動移行もしてくれるようだ

Dirichlet問題と言うのがある 周辺の値が固定されているときに内部で調和する関数はどんなものか、という問題 これをシミュレーションで解いてみることにする(正方形という簡単な領域での単純な例) 以下は、こちらにあるJuliaのソース(Juliaのインストールな…

Rをデフォルトインストールすると、日本語になる(昔は日本語がなかったけれど、楽になったものです…) でも、何かの拍子に英語版で使いたいこともある Windowsの場合、Rの起動ショートカットのリンク先に"C:\Program Files\R\R-3.2.2\Rgui.exe"とかと書いてあ…

my.slice <- function(v,dm,d,j){ tmp <- list() for(i in 1:length(dm)){ tmp[[i]] <- 1:dm[i] } tmp2 <- as.matrix(expand.grid(tmp)) return(list(v=v[which(tmp2[,d]==j)],dm=dm[-d])) } my.slice.2 <- function(v,dm,d,j){ j <- j-1 n <- length(dm) dm…

こちらにも書いた通り、三角化した後、その外接中心を取ることは便利 外接中心をさらっと線形代数処理で出すには、こちらのpydecのそれがよい Barycentric coordinateで出してそのあと通常座標にすればよい それをRで書き換えると： my.circ.center.bary <- …

githubからr-sourceを取ってくる git clone https://github.com/wch/r-source cd r-source CRAN推奨のパッケージセットをダウンロードする tools/rsync-recommended configureして、PCの環境に応じてmakefileを作る ./configure arch/manjaro Linuxでほぼ何…

Armadilloの中身をみるためにはここからダウンロード RcppArmadilloの中身を見るためにはこのgithubへアクセス まずは、Armadilloが何かを確認しよう C++で素敵に線形代数をやるためのライブラリで、LAPAKとかに依存している(依存せずに使ってもよいらしいけ…

Using R — Packaging a C library in 15 minutes Linking static library into R,static library use for R extension Static library 基本的には 動くCライブラリをローカルにとってきて、それのstatic libraryをコンパイルして作り、それをRのパッケージの…

この記事の「なんちゃってRパッケージ」はこちら Here is the github containing files and directories handled in this note. 次のようなMCMCpackパッケージのridichlet()関数を使った関数をパッケージ内に使いたいとする You may want to use some R pack…

ヘルプファイルは、各関数を１関数-１Rファイルとしたうえで、特定の書式に従って書くことによって充実させられる Now you may want to or have to make help files appropriate for semi or full-official package style. Write each R file for each R fun…

この記事の「なんちゃってRパッケージ」はこちら Here is the github containing files and directories handled in this note. Rcppのよさは、Rcppファイルを作ると、Cpp関数をRから呼び出す関数(ラッパー関数)を書く必要がないこと Rxpp is a package to u…

この記事の「なんちゃってRパッケージ」はこちら Here is the github containing files and directories handled in this note. Fortran関数を組み込んでみる Let's try fortran functions. 基本は同じで、use_rcpp()関数を使ってsrcフォルダを作り、そこにf…

この記事の「なんちゃってRパッケージ」はこちら Here is the github containing files and directories handled in this note. Cの関数を取り込むには、C関数をダイナミック・リンク・ライブラリにしつつ、それを呼び出す、という仕組みにする必要がある Le…