Fortran function; No helps; github & R package

• この記事の「なんちゃってRパッケージ」はこちら Here is the github containing files and directories handled in this note.
• Fortran関数を組み込んでみる Let's try fortran functions.
• 基本は同じで、use_rcpp()関数を使ってsrcフォルダを作り、そこにfortran関数を置く。そのfortranサブルーチンを呼び出すR関数を書き、ダイナミック・リンク・ライブラリの手当をする Almost similar to the case of C. make src directory with use_rcpp() and put your fortran functions in it. Write R function that uses the fortran subroutines and take care the dynamic link library issue.
• こちらにある、C,Fortranを組み込むtoy packageからfortranの簡単関数を拝借する Borrow and modify the simple and easy fortran file and R function here.
  • fortranサブルーチン Fortran subroutine file.

      subroutine foo(x, n)

      integer i
      integer n
      double precision x(n)

      do 10 i = 1, n
          x(i) = x(i) ** 2
   10 continue

      end

• • Rの呼び出し関数 R function using the fortran subroutine.

#' @export
#' @useDynLib ry4

foo <- function(x) {
    stopifnot(is.numeric(x))

    out <- .Fortran("foo", x = as.double(x), n = length(x), PACKAGE = "ry4")
    return(out$x)
}

• 手順は同じ Do the same as C.
  • githubでレポジトリを作り Make a new github repository.
  • そのクローンをデスクトップに作る Clone it on your local PC.
  • 一方、devtoolsパッケージのcreate()関数を使ってパッケージの骨格を作り、さらにuse_rcpp()関数を使ってsrcフォルダを加える Make a skeleton of new package with create() function and add src directory with use_rcpp() function.
  • それを一括してローカルのgitクローンにコピーして、そこにR関数、C関数、Fortran関数を置いて、document()する Copy-and-paste all to the github-clone directory and put R, C, and fortran files in R, src and src directories, respectively.
  • それをgitでpushして git push them to github.
  • install_github()する install_github from the github repository.

> library(ry4)
> foo(30)
[1] 900
> foo(1:10)
 [1]   1   4   9  16  25  36  49  64  81 100
> foo
function (x) 
{
    stopifnot(is.numeric(x))
    out <- .Fortran("foo", x = as.double(x), n = length(x), PACKAGE = "ry4")
    return(out$x)
}
<environment: namespace:ry4>