数理生物学を俯瞰する３〜Wikipediaの記事〜 - ryamadaのコンピュータ・数学メモ

こちらの続き
Wikpedia(日本語版)の記事(ここ)に書き込んで、英語版の記事(こちら)の翻訳を増やすことで、自分の知識を整理する(mediawiki(こちらで使用している)の記事の書き方も覚える)
まずは「イントロ」。
ついで「重要事項」。
「研究領域」
- 計算機モデルとオートマトン理論(computer models and automata theory)
  - 細胞のシステムバイオロジーモデル。次の異なる機構のそれぞれ、もしくは全体を束ねて。
    - 代謝ネットワーク
    - シグナル伝達
    - 発現調節->これとか
  - タンパク質の折り畳み
    - 1,2,3次元構造、創薬ターゲットなどを含む
  - 脳神経系モデル
  - 木の形態成長
    - L-systemはこれとか。L-systemの関連事項としてフラクタル(これとか)
  - 生態系
    - ロトカ-ヴォルテラの多種版(これとか)
  - 感染症の数理
  - <細胞生物学・分子生物学のモデル化>
    - 薬理はこれとか
  - <生理学的システムのモデル化>
    - 神経伝達信号はこれとか
- 分子集合理論(molecular set theory)
- 個体群変動(個体群動態)(population dynamics)
  - ロトカ-ヴォルテラはこれとか、感染症の数理はこちらとか
- 数学的な手法
- 数学的生物物理学
  - <決定論的過程（力学系）>
    - 化学反応はこれとか、アトラクタはこれとか、薬物動態の偏微分方程式はこれとか、反応拡散系はこれとか
  - <確率論的過程（ランダム力学系）>
    - 遺伝的浮動はこれとか
  - <空間的モデリング>
    - 変形菌の行動モデル(こちら)とか、これとか、時空間？はこれとか
  - <関係性生物学(relational biology)>
  - <抽象関係性生物学(abstract relational biology)>
    - 婚姻の群論はこれとか、結び目はこれとか
- 系統学(phylogenetics)
  - NJ法はこれとか
こうして眺めてみると、まあまあ、いろいろな適用例について興味を持った履歴はあることがわかる
位相とか、非ユークリッド幾何とか、グラフ理論とかがあまり出てこないのは、ここでも書いた通り、数理生物学が、代数学系より解析学系に偏ってきた歴史を反映しているのだろう