2015-01-01から1年間の記事一覧

ZDD分岐木を描図する

GraphillionのZDDデータ把持

PythonのGraphillionモジュールではユニバースと呼ぶ全体グラフを定めた上で、サブフラフの集合をZDDデータ構造として持つ その持ち方をしているのがGraphSetクラス それが実際にどういう持ち方をしているのかを確認したい 実際GraphSetクラスのオブジェクト…

ManjaroでGraphillion

こちらやこちらを参考に Manjaroのデフォルトpythonはpython3系だが、python2系でgraphillionを使ってみる sudo pacman -S python2-pip sudo pip2 install graphillion python2from graphillion import GraphSet GraphSet.set_universe( [(1, 2), (1, 4), (2…

gcc,g++

g++について オプション ライブラリ、インクルード libhogeというライブラリは -lhoge と指定する /hoge/hage/というディレクトリをインクルードパスとして指定するには -I/hoge/hage/ と指定する /hige/koge/というディレクトリをライブラリパスとして指定…

簡単なMakefileを読んでみる

昨日の記事でMakeについてぱらぱらめくってみた すこし、視界が開けてきた感じがするので、まったく読めなかったMakefileを眺めてみる パッとみただけで、結構、単純なMakefileにすぎないらしく見える ここから取れるmakefileの一つが以下である ###########…

ぱらぱらめくる『GNU make Version 3.77(日本語版)』

こちら 目次 makeの概要 Makefile入門 Makefileの記述 ルールの記述 ルール行でのコマンドの記述 変数の利用法 Makefileの条件分岐部分(割愛) テキスト変形関数(割愛) makeの実行方法 暗黙のルールの利用 その他 でもこの大部のマニュアルの前に、『慣習的な…

RのGUIを英語化する

R

Rをデフォルトインストールすると、日本語になる(昔は日本語がなかったけれど、楽になったものです…) でも、何かの拍子に英語版で使いたいこともある Windowsの場合、Rの起動ショートカットのリンク先に"C:\Program Files\R\R-3.2.2\Rgui.exe"とかと書いてあ…

ぱらぱらめくる『Automated Segmentation and Morphometry of Cell and Tissue Structures. SelectedAlgorithms in ImageJ』

ペイパー かきかけ

VTK-ITKでDICOMシリーズ画像をViewerに載せる

LinuxでQt4→VTK→ITKの順にインストールすることで、ITK入力の画像をVTK描図できるようになる(こちらにやり方) さて。こうしよう VolumeFromSlicesというITK exampleを使うと、数字で順序付けされたファイルを読み込んで、mhd形式というファイル形式でスライ…

ITK, VTK, Qt4

ITKはピクセル・ボクセル型の画像データを読み込んでいろいろする VTKは点・線・面・・・といった幾何オブジェクトを描図する QtはGUIツールキット こちらに従う 関連サイト 3つ(ITK,VTK,Qt4)のインストールの順序 Qt4 VTK(Qt4を使って視覚化したいので) I…

ITK VTK Qt5

ITKはピクセル・ボクセル型の画像データを読み込んでいろいろする VTKは点・線・面・・・といった幾何オブジェクトを描図する QtはGUIツールキット ITKをダウンロードしてビルドする、ビルド先を例えば /home/myProject/ITK-build/とする Qtはpacmanする $ s…

python scikit-imageを使う

python2を使う(Linux(manjaro)でのモジュールインストール) sudo pacman -S python2-numpy sudo pacman -S python2-scipy sudo pacman -S python2-matplotlib sudo pacman -S python2-scikit-image 参考サイト(matplotlib) $ python2import numpy as np impo…

python scikit-imageを使う

がファイルシステムに存在しています〜エラー

このサイトを"ファイルシステムに存在して"で検索すると「アップデートでこんなエラーが出ました: "file exists in filesystem"」という項目があります 上書きできない仕様だそうなので、sudo mv hoge hoge.bkupとでもしてやり直す これにより sudo pacman -…

連番ファイル名を発生させる

itk

こちらのitkの連番ファイル名発生クラスを使って 「ファイルの前半」+「数字」+「ファイルの後半」という連番ファイル名を書き出してみる /home/ryamada/ITK-buildに ITKが入っているものとして /home/ryamada/ITK_Projects_RY/Example_Utilities/src/ に…

CMake資料

CMakeチュートリアルを読む前に CMakeチュートリアル日本語版 A typical Linux Project using CMake CMakeの文法 CMakeのコマンド CMakeの変数 CMakeはディレクトリ構成を作り、そのディレクトリ構成ごとにCMakeLists.txtを書いて配置し、ディレクトリの頂上…

こちらでITKをLinuxに入れてみた たくさんの実行可能ファイルができるのでちょっと使ってみる /home/ryamada/ITK-build/bin/ にZeroCrossingBasedEdgeDetectionImageFIlter という実行可能ファイルができているので、 /home/ryamada/Desktop/test.png という…

実行アプリを作るとは

参考サイト(サイト1、サイト2、サイト3、サイト4、サイト5、サイト6、サイト7) Cmakeを使いたい Cmakeは異なるOSで使えるアプリを使えるようにするのに「ソースを持ってきて使えるようにする」という作業があるが、これがOSごとに違うのは、「配布す…

Introduction ぱらぱらめくる『Visualization Toolkit 4th』

本書の構成 Chapter 2 Object-Oriented Design 大型アプリのオブジェクト指向作成に関する事項の説明 Chapter 3 Computer Graphics Primer コンピュータグラフィクスとは。カメラ・光・幾何などを定義して、「見える様子」を作り上げて2次元表示することに…

ぱらぱらめくる『Visualization Toolkit 4th』

Visualization Toolkit: An Object-Oriented Approach to 3D Graphics, 4th Edition作者: Will Schroeder発売日: 2006メディア: ハードカバーこの商品を含むブログ (1件) を見る 目次 Chapter 1 Introduction Chapter 2 Object-Oriented Design Chapter 3 Co…

6 Iterators ぱらぱらめくる『The ITK Software Guide Book 1: Introduction and Development Guidelines』

Iteratorsは多種ある。それは領域指定の仕方、そこの探索の仕方でわかれる そのほかの分け方は「読み専用」と「読み書き用」の2種類。後者は変更しないのでConstなIteratorと呼ぶ 任意次元の多次元直方体を画像データ全体としたときに、その一部を多次元直…

Abstract ぱらぱらめくる『The ITK Software Guide Book 1: Introduction and Development Guidelines』

Insight Toolkit (ITK) はオープンソース Cmake対応のクロスプラットフォームアプリ python wrappingできるのでプロトタイプ開発も楽。その例はSimpleITK ちゃんと動くかどうかはCmakeと同系列の「アプリチェックツールCDash」でチェックされている(こちら)

ぱらぱらめくる『The ITK Software Guide Book 1: Introduction and Development Guidelines』

pdf 目次 Abstract I Introduction II Architecture III Development Guidelines Appendices I Introduction 1 Welcome 2 Configuring and Building ITK II Architecture 3 System Overview 4 Data Representation 5 Spacial Objects III Development Guidel…

2 Configuring and Building ITK ぱらぱらめくる『The ITK Software Guide Book 1: Introduction and Development Guidelines』

Linuxでの成功ログ Windows、Visual Studioでの成功歴 実行歴(失敗例) ITKのインストール -資料:http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf のChapter 2. Configuring and Building ITK -環境 Manjaro Linux -Cmakeのインストール > sudo Pacman -S Cmake -I…

8 How to Write a Filter『The ITK Software Guide Book 1: Introduction and Development Guidelines』

この章の構成 用語の定義 フィルタ作成の概要 Data streamingについて マルチスレッド化 用語の定義 画像処理は、(data processing) pipelineとして行う。パイプラインは有向グラフとして構成する。上流・下流と称して向きを表現する パイプラインでは画像相…

3 System Overview ぱらぱらめくる『The ITK Software Guide Book 1: Introduction and Development Guidelines』

システム構築の基本 Generic programming(データ型・アクセスについてテンプレートを採用), Smart pointers(データに複数のポインタを走査させて、そのメモリ管理はgarbage collectionとかとちょっと違えて作ってある), Object factories, Event management,…

itkのイテレータはちょっと違う

cppのSTLはイテレータを使うのが特徴 画像データを扱うitkではイテレータを使って画像情報をスキャンしたり操作したりするが、ちょっと違う その違いは イテレータが画像を持つ STLのイテレータは、コンテナのメンバーとしてイテレータを置くので、一つのオ…

わかったかも、C++とSTL

C++

昨日の記事でSTLの教科書の第2章をめくってみて、こういうことだとわかった C++はオブジェクト指向言語(そんなことは、昔から知ってましたが、言葉として覚えていただけでした) オブジェクト指向なので、クラスを作って、それのインスタンスを発生させて(そ…

STLプログラミングの基礎〜ぱらぱらめくる『STL標準講座』

まずはこの章をまるごと覚えよう vector/listコンテナクラス、操作法、反復子(イテレータ)、アルゴリズム、関数オブジェクトまで、一通り出てくる STLは、よく使うだろう処理を作っておいてくれて、それを使う人は楽チンな使い方をしてよいようにした「サー…

STLの概要〜ぱらぱらめくる『STL標準講座』

STLの三要素 コンテナ、アルゴリズム、反復子(イテレータ) STLのその他の要素 アロケータ、関数オブジェクト、アダプタ