投稿規定てふファイルをSweave連結する

• 昨日の記事で、ごちゃごちゃ考えずにてふでの投稿が可能な状態になったので
• あとは、図表の作成をR処理にしてやれば出来上がり
• Sweave()に"hoge.Rnw"として読ませてやればよい(スタイルシートのこととかがあるので、ジャーナルから取ってきたzipの解凍物がすべてあるフォルダでやろう)
• Rnwファイルは基本的にはてふファイルだから、昨日作ったファイルを名前と拡張子だけ変更してやり、(日本語が入っているとRstudioとかで失敗しがちなので)、R上で

# Windowsのデフォルトエンコーディングを指定して
Sweave("hoge.Rnw",encoding="SJIS")

• とやれば、texファイルができるので、それをテフエディタ(TeXworksを使っている)でpdfpLaTeXすれば出来上がり
• ただし、追加のスタイルファイル"Sweave.sty"と"ae.sty"は要るので、持ってなければ、こちらからとか取ってきて、Rnwファイルと同じフォルダに入れておく
• まだ、Rのコマンドとか書いていないけれど、これで動く
• 以下は骨格だけにした、ジャーナルのテンプレートファイルに、１箇所だけ、Rのコマンド・図作成を入れ込んでみる
• 入れるのは、次のように、「図を出せ」「コマンドは出すな」「epsファイルが必要だから作れ」という条件での実行(epsを出せ、とかについてはこちらを参照)

<<fig=TRUE,echo=FALSE,eps=TRUE>>=
plot(runif(100),rnorm(100),type="l",col=3)
@

\documentclass[oupdraft]{bio}
\usepackage[colorlinks=true, urlcolor=citecolor, linkcolor=citecolor, citecolor=citecolor]{hyperref}

% Add history information for the article if required
\history{Received May 2, 2014;
revised May 3, 2014;
accepted for publication May 4, 2014}

\begin{document}

% Title of paper
\title{良いタイトルを}

% List of authors, with corresponding author marked by asterisk
\author{RYO YAMADA$^\ast$, TBA,\\
TBA, TBA\\[4pt]
% Author addresses
\textit{Unit of Statistical Genetics, Center for Genomic Medicine,\\
Graduate School of Medicine,
Kyoto University,\\
53 Syogoin-kawaharacho, Sakyo-ku,
Kyoto, Japan}
\\[2pt]
% E-mail address for correspondence
% Ended with two }}
{ryamada@genome.med.kyoto-u.ac.jp}}

% Running headers of paper:
\markboth%
% First field is the short list of authors
{R. Yamada and others}
% Second field is the short title of the paper
{短くてわかりやすいランニングタイトル}

\maketitle

% Add a footnote for the corresponding author if one has been
% identified in the author list
\footnotetext{To whom correspondence should be addressed.}

\begin{abstract}
{ここは二つの\{\}でできていて、最初のにアブストラクトの文章を書き、二つ目にキーワードを列挙する}


{Multi-way table; Multiple testing; Power; Monte-carlo.}
\end{abstract}

<<fig=TRUE,echo=FALSE,eps=TRUE>>=
plot(runif(100),rnorm(100),type="l",col=3)
@
\section{Introduction}
\label{sec1}

\section{Methods}
\label{sec2}
\subsection{メソッドのその１}
\begin{equation}
\log \left( \frac{p_{mi}}{1 - p_{mi}} \right)
= \hbox{logit} (p_{mi})
= \alpha_m + \beta_m X_{mi},
\label{logistic regression}
\end{equation}

\section{Results}
\label{sec3}
\section{Discussion}
\label{sec4}

なんか書く。

\section{Software}
\label{sec5}

\section{Supplementary Material}
\label{sec6}

Supplementary material is available online at
\href{http://biostatistics.oxfordjournals.org}%
{http://biostatistics.oxfordjournals.org}.

\section*{Acknowledgments}

{\it Conflict of Interest}: None declared.

引用文献は書き方がある。
著者には強調書体 ￥emph{}が使われている
ラベルをつけておこう。。
著者のアルファベット順になっている。

\begin{thebibliography}{99}

\bibitem[Allison \emph{and others}(2006)%
Allison, Cui, Page and Sabripour]{allison2006}
\textsc{Allison, D., Cui, X., Page, G. and Sabripour, M.} (2006).
Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus.
\emph{Nature Reviews Genetics}
\textbf{7},
55--65.

\bibitem[Barlow(1972)Barlow]{Barlow:1972}
\textsc{Barlow, R. E.} (1972).
Statistical inference under order restrictions: the theory and
application of isotonic regression [Ph.D. Thesis].
University Park, PA: Pennsylvania State University.

\end{thebibliography}

\begin{figure}[!p]
\centering\includegraphics{fig4.eps}
\caption{テーブルをラベルで呼び出している。
Table \protect\ref{Table1} も見てください。}
\label{Fig4}
\end{figure}

\begin{table}[!p]
\tblcaption{説明
\label{Table1}}
{\tabcolsep=4.25pt
\begin{tabular}{@{}cccccccccc@{}}
\tblhead{Dis & Chr & Marker & MLE-OR & MLE & MLE &
EB-HM-OR & EB-HM & EB-HM & ES \\
&&& (SE) & \textit{P}-value & rank & (SE) &
\textit{P}-value & rank & rank}
CAD & 2 & rs2943634 & 1.22(0.04) & $1.23 \times 10^{-5}$ &
32 & 1.02(0.01) & 0.19 & 28 & 37 \\
T2D & 16 & rs9939609 & 1.26(0.04) & $5.6 \times 10^{-8}$ &
15 & 1.03(0.01) & 0.06 & 15 & 15
\lastline
\end{tabular}}
\end{table}

\end{document}