- 昨日の記事で、数式関係の慣用について触れた
- 同じ投稿規程を用いて、こんな「てふ」スキルを覚えれば、サンプルのてふファイルの改良だけで投稿準備ができる、という内容を確認することにする
- まずは、くだんの"Biostatistics"誌の投稿規程(こちら)
- zipなので解凍して、sample.texをたとえばTeXWorksとかで開く。スタイルシートや、呼び出しているeps図ファイルがzip内に同梱されているので、PDFを作る作業もできるだろう。もしできなければ、それはてふの環境がいまいちなので、てふ環境を整えてから進もう
- ちなみに日本語使えるてふ環境なら、タイトルや本文に日本語を打ちこみ、スタイルとかパッケージとかをいじらなくても、うまく動きました。(場合によっては日本語フォントの埋め込みに関してこちらのような対応が必要かも)
- てふエディタなら、書式がカラーハイライトされるので、だいたい、どんなてふ機能が使われているかは目星がつく
- それをおさらいすることにする
- sample.texを上から行こう！
- (1) \begin{document}まで(プレアンブル。てふが厄介なのは、ここがごてごてしていることが多いから…)
- このサンプルファイルがよいのは、ここが簡単なこと。
- documentclassを指定(これが呼び出しているのが、zipに同梱されていたbio.csファイル。この中はそれこそ書式の規定がびっしり書かれているが、これはジャーナルのルールだからもういじらないことにしよう
- もうひとつusepackageでハイパーリンクの取り扱い(hyperref)が決められている
- これだけ。
- 残りのhisotoryは、投稿受付、リバイス、アクセプトの履歴管理用だから、ジャーナル編集部に任せるべきところであって、「我関せず」な部分として気にしない。
\documentclass[oupdraft]{bio}
\usepackage[colorlinks=true, urlcolor=citecolor, linkcolor=citecolor, citecolor=citecolor]{hyperref}
\history{Received May 2, 2014;
revised May 3, 2014;
accepted for publication May 4, 2014}
- (2) ドキュメント(\begin{document}で始まり、ファイルの末尾の\end{document}まで
- 最後まで行ったから、この中身がわかれば終わり
- 構成を確認しておく
- セクションだてをして、イントロ、メソッド、リザルト、ディスカッション、ソフトウェア、サプル、アクナリジメント、引用文献、図、表、となっている。
- イントロとメソッドにはsec1,sec2というラベルを貼ったのが以下
- Acknowledgementsには\section*とアスタリスクが付いている。ナンバリングさせないため。
\begin{document}
\section{Introduction}\label{sec1}
\section{Methods}\label{sec2}
\subsection{SubMethod1}
\subsection{SubMethod2}
\section{Results}
\section{Discussion}
\section{Software}
\section{Supplementary Material}
\section*{Acknowledgments}
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{}
\end{thebibliography}
\begin{figure}[!p]
...
\end{figure}
\begin{figure}[!p]
\end{figure}
\begin{table}[!p]
\end{table}
\end{document}
-
-
- ラベルでセクションを呼び出すには、以下のように\ref{ラベル名}とする。こうすると"Section 1"では、のようになる。1が来るか2が来るか、3が来るか…は実際にsec1ラベルのついたセクションが何番セクションになるように文書ができているかによって変わってくる
In Section \ref{sec1} of the SM
-
- (3) いわゆる「カバー情報」：タイトル、著者、所属機関、コレスポンディングオーサーの指定、連絡先、ランニングタイトル(ページのヘッダーに来る情報は代表著者と短い版のタイトル)
- 基本的には上記の情報を「ここに書いて」というところに、言われたフォント・区切り文字で書きこむ
- \maketitleは、\title{}(等)に書いたものを、スタイルシートで決められたように文書に反映させるコマンド
\begin{document}
\title{良いタイトルを}
\author{RYAU YAMADA$^\ast$, TBA,\\
TBA, TBA\\[4pt]
\textit{所属機関とその住所}
\\[2pt]
{ryamada@xxx.xx.xx.xx}}
\markboth
{R. Yamada and others}
{短くてわかりやすいランニングタイトル}
\maketitle
\footnotetext{To whom correspondence should be addressed.}
文章の途中でイタリックを使っている。
form of a ranked list of \textit{P}-values
さらに色々書く。
段落を変えるためには、１行空ける。
文章の途中でイタリックを使っている。
form of a ranked list of \textit{P}-values
- (5) 引用と引用文献
- イントロダクションでは引用文献が登場する
- 引用文献は、終わりの方の\begin{thebibliography}{99}から\end{thebibliograph}の間に、ある書式で列挙する。その際、ラベル(呼び名)をつけておく
- {allison2006}がラベル。その他はフォントや書き方なので、基本的に書いてある通りに倣って書く
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem[Allison \emph{and others}(2006)
Allison, Cui, Page and Sabripour]{allison2006}
\textsc{Allison, D., Cui, X., Page, G. and Sabripour, M.} (2006).
Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus.
\emph{Nature Reviews Genetics}
\textbf{7},
55--65.
-
- 本文中で引用するには、その呼び名で呼び出す
- いくつかの引用の方法がある。
- 一つずつ呼び出す
- まとめて呼び出す
- まとめて呼び出すのだけれど、本文中では、１つずつ文章のように呼び出す
- 呼び出すときに引用文献の著者が主語となるように呼び出す
普通の呼び出し
この論文は手法Xを下敷きにしている
\citet{allison2006}
ここでは"allison2006"というラベルのついた引用文献を定められた書式で呼び出している。
複数の引用文献を列挙する。
(\citealp{Duditetal02,rma2003,LW2004,rieger2004}).
複数の文献をひとつずつ引用列挙することもできる。
\citet{tomlins2005},
\citet{TTC01}
and
\citet{Barlow_Bartholomew:1972}
引用文献を主語にして書くこともある。
\citet{Wahba:1990}
provide a hierarchical regression modeling approach,
- (6) 数式
- 数式は、独立して書く場合と、文章中に埋め込む場合とがある
- 独立して書く場合には、数式番号を振ることを原則とし、文章内では、数式番号にて参照可能とする
- 参照可能にするために、数式にはラベル(呼び名)をつける
- 文章中に書く
文中に$\left( \hat{\beta}_m / \hbox{SE} (\hat{\beta}_m) \right)^2
\sim \chi^2$,
where $\hat{\beta}_m$ のように書く
-
- 独立して書く。\label{logistic regression}とラベルを振っている。
\begin{equation}
\log \left( \frac{p_{mi}}{1 - p_{mi}} \right)
= \hbox{logit} (p_{mi})
= \alpha_m + \beta_m X_{mi},
\label{logistic regression}
\end{equation}
where $p_{mi}$ is the probability など。
interpretations of combining (\ref{logistic regression})
Supplementary material is available online at
\href{http://biostatistics.oxfordjournals.org}
{http://biostatistics.oxfordjournals.org}.
- (8) 図表とその本文内参照
- 図は\begin{figure} \end{figure}で１セット
- 図表ファイルはeps形式で作っておいて、このtexファイルと同じディレクトリに置いておけば、"fig1.eps"とファイル名で指定して読み込める。\captionは図の説明。ラベルを貼っておくことで本文内にてラベル名で参照できる
\begin{figure}[!p]
\centering\includegraphics{fig1.eps}
\caption{説明を書こう。}
\label{Fig1}
\end{figure}
-
-
- 本文内からの参照。以下のように書くことで"Figure n"と書きだされる。ただし、nの数字を直接書かず、てふが文章構成上の何番目かになるかで指定してくれる。
The results of this simulation
study can be seen in Figure \ref{Fig1}.
-
- 表
- 表は、てふの表書式で書けってこと…、ごちゃごちゃして見えるが、覚えればそれほどでもない
- 始まりと終わりを指定、\tblcaption{}に説明を書き、その中に、テーブルのラベルも書く。
- {\tabcolsep からがテーブルの書式。基本的には、カラム数がいくつになるかを指定して、行ごとに\\で改行しながら書いていく
- 1行ごとに&でセルを区切る
\begin{table}[!p]
\tblcaption{テーブルの説明文を書く
\label{Table1}}
{\tabcolsep=4.25pt
\begin{tabular}{@{}cccccccccc@{}}
\tblhead{Dis & Chr & Marker & MLE-OR & MLE & MLE &
EB-HM-OR & EB-HM & EB-HM & ES \\
&&& (SE) & \textit{P}-value & rank & (SE) &
\textit{P}-value & rank & rank}
CAD & 2 & rs2943634 & 1.22(0.04) & $1.23 \times 10^{-5}$ &
32 & 1.02(0.01) & 0.19 & 28 & 37 \\
CAD & 6 & rs6922269 & 1.23(0.05) & $6.58 \times 10^{-6}$ &
22 & 1.02(0.01) & 0.2 & 37 & 44
\lastline
\end{tabular}}
\end{table}
-
-
- テーブルの呼び出しもラベル名を使う。図の説明文の中からも参照できる
\begin{figure}[!p]
\centering\includegraphics{fig4.eps}
\caption{テーブルをラベルで呼び出している。
Table \protect\ref{Table1} も見てください。}
\label{Fig4}
\end{figure}
- (8) 参照機能
- てふのファイルをPDF(等)にするとき、１度の処理では参照先が理解できないので、1度だけ処理をすると、参照部分に??が現れる。もう一度、PDF化処理をすればちゃんとする
- sample.texをあちこち短くして作ったのが以下のファイル。
\documentclass[oupdraft]{bio}
\usepackage[colorlinks=true, urlcolor=citecolor, linkcolor=citecolor, citecolor=citecolor]{hyperref}
\history{Received May 2, 2014;
revised May 3, 2014;
accepted for publication May 4, 2014}
\begin{document}
\title{良いタイトルを}
\author{RYO YAMADA$^\ast$, TBA,\\
TBA, TBA\\[4pt]
\textit{Unit of Statistical Genetics, Center for Genomic Medicine,\\
Graduate School of Medicine,
Kyoto University,\\
53 Syogoin-kawaharacho, Sakyo-ku,
Kyoto, Japan}
\\[2pt]
{ryamada@genome.med.kyoto-u.ac.jp}}
\markboth
{R. Yamada and others}
{短くてわかりやすいランニングタイトル}
\maketitle
\footnotetext{To whom correspondence should be addressed.}
\begin{abstract}
{ここは二つの\{\}でできていて、最初のにアブストラクトの文章を書き、二つ目にキーワードを列挙する}
{Multi-way table; Multiple testing; Power; Monte-carlo.}
\end{abstract}
\section{Introduction}
\label{sec1}
セクションにはラベルをつけているので、文章中で相互参照が楽にできるようになっている。
以下では、引用文献の引き方や式の書き方の例が続く。
この論文は手法Xを下敷きにしている
\citet{allison2006}
ここでは"allison2006"というラベルのついた引用文献を定められた書式で呼び出している。
引用文献はこんな風に書いてある
\\bibitem[Allison \emph{and others}(2006)Allison, Cui, Page and Sabripour]{allison2006}
複数の引用文献を列挙している。
(\citealp{Duditetal02,rma2003,LW2004,rieger2004}).
複数の文献をひとつずつ引用列挙することもできる。
\citet{tomlins2005},
\citet{TTC01}
and
\citet{Barlow_Bartholomew:1972}
引用文献を主語にして書くこともある。
\citet{Wahba:1990}
provide a hierarchical regression modeling approach,
さらに色々書く。
段落を変えるためには、１行空ける。
文章の途中でイタリックを使っている。
form of a ranked list of \textit{P}-values
\section{Methods}
\label{sec2}
メソッドのセクションについての導入文を書き、ついでメソッドのサブセクションを書く。
\subsection{メソッドのその１}
文章中の数字は普通に書く
2-level hierarchical model for 。
文章中の変数は数式モードでイタリック $N$
individuals, a proportion
数式はデフォルトでナンバリングしておこう。
セクションの何番目の式か、がナンバリングされる。
1行の数式の例。
数式の終わりにカンマがあることに注意。
また、式にラベルをつけて参照可能にしてある。
\begin{equation}
\log \left( \frac{p_{mi}}{1 - p_{mi}} \right)
= \hbox{logit} (p_{mi})
= \alpha_m + \beta_m X_{mi},
\label{logistic regression}
\end{equation}
where $p_{mi}$ is the probability など。
文中に
$\left( \hat{\beta}_m / \hbox{SE} (\hat{\beta}_m) \right)^2
\sim \chi^2$,
where $\hat{\beta}_m$ is the …のように式を入れることもある。
\subsection{メソッドその２}
１行に複数の式を書きつつ、式の間に空隙をつくるべく\\quadが使われている。
\begin{equation}
\beta = Z \gamma + \tau^2 T,
\quad
\beta = \left( \beta_1, \ldots, \beta_M \right),
\quad
\beta_m \sim \hbox{Normal} \left( Z_m \gamma, \tau^2 t_{mm} \right),
\label{second level}
\end{equation}
where $Z$ is an $M \times K$ matrix containing $K$ columns of
additional biological information.
前方のセクションをラベルで呼び出し、また、前出の式もラベルで呼び出しています。
In Section \ref{sec1} of the SM available at
\textit{Biostatistics} online, we explore the mixed model
and Bayesian interpretations of combining (\ref{logistic regression})
and (\ref{second level}) which can help clarify the roles played by
the various components of the model.
\subsection{Combining first- and second-level effect estimates}
第３の式は一応、載せるだけ載せておく。
\begin{equation}
\hat{\beta}_{m; \mathrm{EB}} =
B_m Z_m \gamma + \left( 1 - B_m \right) \hat{\beta}_m.
\label{shrinkage}
\end{equation}
\section{Results}
\label{sec3}
\subsection{リザルトその１}
リザルトでは図表を指示しつつ、文章を書く。
ここでは、Figure 1 などと、何番目のFigureかを明示するのではなくて、
Figureにラベルをつけて、ナンバリングはＴｅｘに任せている。
図表は引用文献の後にまとめて載せる。
図が先、表が後。
そのfigureの場所では、個々のfigureにラベルをつけ、そこにepsファイルを読み込むようにしてある。
最初に出てきたfigureに１番と番号が振られ、figureの場所でもそれが"Figure 1"である、とナンバーが振られる。
The results of this simulation
study can be seen in Figure \ref{Fig1}.
￥hbox{}というのを使っているが、それは配置に関する道具のはずだが、ここでは、単にフォントをコントロールしているだけのようだ。。。
$\hbox{MSE} = M^{-1}
\sum_m \left( \hbox{est(OR)} - \hbox{true(OR)}\right)^2$,
￥mathrm{}を代わりに使っても、変わっていないように見える。
$\mathrm{MSE} = M^{-1}
\sum_m \left( \mathrm{est(OR)} - \mathrm{true(OR)}\right)^2$
\subsection{リザルトその２}
なんか書く。
\subsubsection{細かくリザルト}
なんか書く。
\subsubsection{細かいリザルトの２}
なんか書く。
\section{Discussion}
\label{sec4}
なんか書く。
\section{Software}
\label{sec5}
ソフトウェアと言うセクションは必須ではないだろうが、何か立てたいセクションは立ててよいと言うことだろう。
Software in the form of R code, together with a sample
input data set and complete documentation is available on
request from the corresponding author (ryamada@genome.med.kyoto-u.ac.jp).
\section{Supplementary Material}
\label{sec6}
ハイパーリンクが使ってある。
Supplementary material is available online at
\href{http://biostatistics.oxfordjournals.org}
{http://biostatistics.oxfordjournals.org}.
\section*{Acknowledgments}
アクナリジのセクションにはセクション番号が振られないので \\section*{}とアスタリスクが使われている。
ハイパーリンクを埋め込んでもよい。
利益相反はイタリックでアクナリジの末尾に書くらしい。
補充情報はこちらで \href{http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/}.
{\it Conflict of Interest}: None declared.
引用文献は書き方がある。
著者には強調書体 ￥emph{}が使われている
ラベルをつけておこう。。
著者のアルファベット順になっている。
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem[Allison \emph{and others}(2006)
Allison, Cui, Page and Sabripour]{allison2006}
\textsc{Allison, D., Cui, X., Page, G. and Sabripour, M.} (2006).
Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus.
\emph{Nature Reviews Genetics}
\textbf{7},
55--65.
\bibitem[Barlow(1972)Barlow]{Barlow:1972}
\textsc{Barlow, R. E.} (1972).
Statistical inference under order restrictions: the theory and
application of isotonic regression [Ph.D. Thesis].
University Park, PA: Pennsylvania State University.
\bibitem[Barlow \emph{and others}(1972)
Barlow, {Bartholomew, Jr}, Bremner and Brunk]{Barlow_Bartholomew:1972}
\textsc{Barlow, R. E., {Bartholomew, Jr}, D. J., Bremner, J. M. and Brunk, H. D.} (1972).
\emph{Statistical Inference under Order Restrictions: The Theory and
Application of Isotonic Regression},
7th edition.
London: Wiley.
\bibitem[Brown(1989)Brown]{Brown:1989}
\textsc{Brown, B.~W.} (1989).
\emph{Monosmo. StatLib---Software and Extensions for the S (Splus) Language}.
http://lib.stat.cmu.edu/S.
\bibitem[Castelloe and Zimmerman(2002)
Castelloe and Zimmerman]{Castelloe_Zimmerman:2002}
\textsc{Castelloe, J. M. and Zimmerman, D. L.} (2002).
Convergence assessment for reversible jump {MCMC} samplers.
\emph{Technical Report 313},
SAS Institute.
\bibitem[Dudoit \emph{and others}(2002)
Dudoit, Yang, Callow and Speed]{Duditetal02}
\textsc{Dudoit, S., Yang, Y., Callow, M. and Speed, T.} (2002).
Statistical methods for identifying differentially expressed genes in
replicated {cDNA} microarray experiments.
\emph{Statistica Sinica}
\textbf{97},
111--139.
\end{thebibliography}
ここから図表
\begin{figure}[!p]
\centering\includegraphics{fig1.eps}
\caption{説明を書こう。}
\label{Fig1}
\end{figure}
\begin{figure}[!p]
\centering\includegraphics{fig4.eps}
\caption{テーブルをラベルで呼び出している。
Table \protect\ref{Table1} も見てください。}
\label{Fig4}
\end{figure}
\begin{table}[!p]
\tblcaption{A subset of the strongest associated
markers for each of the $4$
\protect\citet{rieger2004}
data sets (CAD, CD, RA, and T2D). MLE-OR(SE) refers
to the logistic regression maximum likelihood odds
ratio estimate and the standard error of the
$\log(\hbox{MLE OR})$ as calculated for the analysis
carried out here. MLE rank refers to the ranking
of the marker based on the MLE \textit{P}-value.
EB-HM-OR(SE) refers to the EB-HM odds ratio and the
standard error of the $\log(\hbox{EB-HM OR})$. The
EB-HM Rank refers to the rank of the marker based on
the EB-HM \textit{P}-value and the effect size (ES)
Rank refers to the ranking based on the EB-HM odds
ratios
\label{Table1}}
{\tabcolsep=4.25pt
\begin{tabular}{@{}cccccccccc@{}}
\tblhead{Dis & Chr & Marker & MLE-OR & MLE & MLE &
EB-HM-OR & EB-HM & EB-HM & ES \\
&&& (SE) & \textit{P}-value & rank & (SE) &
\textit{P}-value & rank & rank}
CAD & 2 & rs2943634 & 1.22(0.04) & $1.23 \times 10^{-5}$ &
32 & 1.02(0.01) & 0.19 & 28 & 37 \\
T2D & 16 & rs9939609 & 1.26(0.04) & $5.6 \times 10^{-8}$ &
15 & 1.03(0.01) & 0.06 & 15 & 15
\lastline
\end{tabular}}
\end{table}
\end{document}
