2013-07-22

0に立ち返ってのSweave

電子書籍てふ R Sweave

Sweave()とRnwファイル
- Sweave()はhoge.Rnwという拡張子のファイルを読み込んでhoge.texというファイルを出力する
- オオマカニはtex文書であって、Rのソースを書きこみ、そのソースを実行した結果をプロット画像をtexの中に埋め込んでくれる仕組み
Sweave()を使ったtex文書は、Tex文書のスタイルの一つなので、styファイルが必要
- Sweave.styとae.styの２つ
- それぞれを「texの作業フォルダ」に「じかおき」する(初心者なので失敗しないため。作業場所を引っ越すときは、一緒にお引っ越し)
- これ(Sweave,sty)とこれ(ae.sty)をコピーして、それぞれテキストファイルとして保存する(名前は"Sweave.sty","ae.sty")
Sweave()関数を使ってみる
- ただのtexファイルをRのSweave()関数に処理させることもできる
  - 前の記事のtest.texを拡張子だけつけかえた"testSw.Rnw"としてみよう("test.Rnw"のままだと、Sweave()関数が"test.tex"を作ろうとしてバッティングするので名前をいじっただけ)
  - もちろんRの作業ディレクトリは、texファイル、Rnwファイル、styファイルのあるディレクトリにしておく
  - encoding対策としてSweave()関数の引数に注意

Sweave("testSw.Rnw",encoding="SJIS")

- testSw.RnwとそれからできたtestSw.texとを以下に示す。１(２)カ所違う。
  - １箇所目はtestSw.texの20行目に入った"\usepackage{Sweave}"の行
  - ２箇所目は最後に改行が入って行数が増えたこと(これはもとのRnwファイルの最後が改行されていれば変わらなかったのだろう)
  - このことからわかるように、Sweave()関数は、次の２つの仕事をする
    - Rnwという拡張子だが、基本はtex形式のファイルに"Sweave"パッケージを使うよ、という宣言を書きこむ
    - Rnwファイルに書かれたRのコードやその出力をしかるべきファイル名で作成しながら、texファイルに書き込んだり、ファイルの呼び込み行を書きこんだりする
- "testSw.Rnw"ファイル

\documentclass[11pt,a4paper]{jsarticle}
%
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage{bm}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{ascmac}
%
\setlength{\textwidth}{\fullwidth}
\setlength{\textheight}{39\baselineskip}
\addtolength{\textheight}{\topskip}
\setlength{\voffset}{-0.5in}
\setlength{\headsep}{0.3in}
%
\newcommand{\divergence}{\mathrm{div}\,}  %ダイバージェンス
\newcommand{\grad}{\mathrm{grad}\,}  %グラディエント
\newcommand{\rot}{\mathrm{rot}\,}  %ローテーション
%
\pagestyle{myheadings}
\markright{\footnotesize \sf 物理のかぎしっぽ \ \texttt{ http://www12.plala.or.jp/ksp/}}
\begin{document}
%
%
\section*{◆タイトル◆}

%
%
\end{document}

- "testSw.tex"ファイル

\documentclass[11pt,a4paper]{jsarticle}
%
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage{bm}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{ascmac}
%
\setlength{\textwidth}{\fullwidth}
\setlength{\textheight}{39\baselineskip}
\addtolength{\textheight}{\topskip}
\setlength{\voffset}{-0.5in}
\setlength{\headsep}{0.3in}
%
\newcommand{\divergence}{\mathrm{div}\,}  %ダイバージェンス
\newcommand{\grad}{\mathrm{grad}\,}  %グラディエント
\newcommand{\rot}{\mathrm{rot}\,}  %ローテーション
%
\pagestyle{myheadings}
\markright{\footnotesize \sf 物理のかぎしっぽ \ \texttt{ http://www12.plala.or.jp/ksp/}}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}
%
%
\section*{◆タイトル◆}

%
%
\end{document}