2011-01-01から1ヶ月間の記事一覧

三葉結び目の保存量

走性

アメーバや粘菌が移動する 動きたい方向がある 個々のパーツは孤立できない そんな条件で動かしてみたい 動きは離散的になる こちらのベクトル場を借用 以下のソースは少々重い # 時空間 X<-1:100 Y<-1:100 Niter<-1000 N<-1000 # 個体数・細胞数 # 位置別個…

アメーバ・粘菌

結び目をパラメタ化

結び目は2次元のわっかを3次元に置いた状態 だから、「閉じた曲線」として表せる 閉じた曲線については、ここ数日、やってきた通りで、パラメタを置くと、周期的に同じ位置に戻ってきてしまうような座標定義のこと また、曲線の位置を陽に表さずに、偏微分…

結び目を作ろう

解を出したい

こちらで2次元座標に周期的状態の相表示がされている ロトカ=ヴォルテラのごくごく簡単な係数表現はである この式の固定点は(1,1)である 一方、ぐるりと回るものの典型に「円」がある 原点を中心とした円とロトカ=ヴォルテラの周回曲線との関係を考えたい (…

方程式の探索 rootSolveパッケージ

apply()系関数はなかなか覚えきれないが…

R

こちらから 自分の備忘録にこの日記にもメモを残しておく # ループを減らすのはRのこつ # apply()系の関数の使い方は内容のよくわかっているものでやってみるのが一番 # ローカスごとにアレル数を取り出す l<-6 k<-sample(2:50,l,replace=TRUE) # 各ローカス…

多項式を作る

こちらで非線形偏微分方程式を扱っている 非線形偏微分方程式では、偏微分が0になる点の周囲に保存量があるようなときに周期解を持つ(らしい)が、そのためには、非線形偏微分方程式を0とするような解を陽に表したい 多項式の場合に限れば次のように作れる …

どれだけの情報を処理しているのだろう

こちらとこちらとこちらとこちらから 視覚的にどれくらいの情報を得ているのか 視細胞の光刺激を生物として利用するまでのすべての経路とその方法 聴覚的にどれくらいの情報を得ているのか 有毛細胞の音刺激を生物として利用するまでのすべての経路とその方…

もう一つの視覚

もうひとつの視覚―〈見えない視覚〉はどのように発見されたか作者: メルヴィン・グッデイル,デイヴィッド・ミルナー,鈴木光太郎,工藤信雄出版社/メーカー: 新曜社発売日: 2008/04/20メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 29回この商品を含むブログ (13件) を…

Preziでアニメーション

Preziは動的プレゼンテーションツール はてなではアニメーションgifを使って動画を表示していたが、Preziはアニメーションgifでは動画にならない Flashにする必要があるという Free GIF2SWF ConverterはWindows7でも動いた(20111218) 連番ファイルからアニメ…

よじれている

昨日の記事の続き n次元空間にn-1次元の素直な多様体(球面のような)ものを考えることができる 「よじれた」ものを考えることもできる 結び目は、ぐるりと閉じた紐(2次元空間では輪)が3次元空間で取る状態のこと(Wiki) クラインの壺はぐるりと閉じた面(3次…

定常状態

こちらで捕食・被捕食の関係を示している 2集団個体数が相互に影響を与えながら増減している 2集団個体数を縦・横の2軸にとって相空間表示すると、閉じた曲線が描かれる 曲線はこちらやこちらでも扱っているように、線上の点についてその進行方向を決める…

曲線 曲面 等高線

arrayでn進法、slice.index()のこと

こちらでarrayを使って、3次元格子の時間経過を3次元プロットしている。slice.index()関数を使って3空間軸+1時間軸の4次元データから、3空間軸の座標を取り出している なるほど、arrayは行列の多次元化したものであって、格子座標が取り出せる これを…

離散三角フーリエ変換とその逆変換

資料 資料のソースをRに書き換えるとfft()の結果と同様の結果になる x<-seq(from=0,to=2*pi,length.out=100) z<-cos(2*x)+2*cos(5*x) par(mfcol=c(2,2)) plot(z,type="l") y<-fft(z) plot(Re(y),type="l") plot(Re(y[1:10]),type="l") a<-fft(y, inverse = T…

フーリエ変換続き

フーリエ変換資料

こちら x<-seq(from=0,to=2*pi,length.out=100) z<-cos(2*x)+2*cos(5*x) par(mfcol=c(2,2)) plot(z,type="l") y<-fft(z) plot(Re(y),type="l") plot(Re(y[1:10]),type="l") a<-fft(y, inverse = TRUE) / length(y) plot(Re(a),type="l") 資料(大きい角振動数…

フーリエ変換

arima(), arima.sim()関数

こちらからの流れ arima(lh, order = c(1,0,0)) arima(lh, order = c(3,0,0)) arima(lh, order = c(1,0,1)) arima(lh, order = c(3,0,0), method = "CSS") arima(USAccDeaths, order = c(0,1,1), seasonal = list(order=c(0,1,1))) arima(USAccDeaths, order…

ARIMA 時系列解析

convolve()関数

こちらからの流れ こちらのレファレンスカードにも載っている フーリエ変換を使った畳み込みで線を引く n<-50 x<-rnorm(n) y<-runif(n) x<-sort(x) y<-sort(y) Han <- function(y) # Hanning convolve(y, c(1,2,1)/4, type = "filter") plot(x,y, main="Usin…

畳み込み 時系列解析

ぱらぱらめくる『R Reference Card』

R Reference Card はRの基本事項をカテゴリ別に並べたもの(こちら) 基本的な関数の一覧を素早く探したいときに有用 ヘルプ関係 # help()関数は関数とパッケージとに対して実施できる # dist()関数のヘルプ help(dist) # stats パッケージのヘルプ help(sta…

ぱらぱらめくる『R Reference Card』

Rで微分積分

微分・積分 expressionというモードのオブジェクトは数式を格納する こちら help(deriv) # 2変数の数式sin(cos(x+y^2))をexpressionモードのオブジェクトtrig.expに代入する trig.exp <- expression(sin(cos(x + y^2))) # 変数xで偏微分する D.scx <- D(tri…

Rで微分積分

ぱらぱらめくるBiophysics ReviewとBulletin of Mathematical Biology

周期性データのことを扱っていて(こちらなど)、複数の周期がリンクしている状態をフラクタル的に取り扱ってみたところ。(こちら) また、複数要素が作るサイクルを作っているときに、個々の要素が周期的な変動をすることを考えていると、「複数要素が作る…

ぱらぱらめくる『Biophysics Review』と『Bulletin of Mathematical