遺伝学・遺伝統計学関連の姉妹ブログ『ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ』
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Bowtieで高速マッピング

次世代シークエンサー R pyhton
  • 次世代シークエンサーデータ　を　Ｒという統計パッケージでいじるためのサイトがあるので、これに沿って、好きな言語(Python)で扱ってみる。
  • 手順
    • Short readsのNあり配列を除く
    • 配列のユニークを取り、ユニークな配列ごとの配列数をカウントする
    • Bowtieを使って、readsのマッピング情報を取る
    • ...以下続く
  • 上記をパイソンで書いてみる？
  • Bowtieの特徴は？
  • その他