リテラシー

ヘルプ関係

help(help) help(help.search) 参考(こちら)

返り値を抽出する

Rの関数は色々な情報を返してくる その中のある値を使って次の処理をしたい、ということはよくある が、不勉強だったために、どうやって、その「使いたい値」を取り出せばよいのかがわからず困ることがあった そのために、こんな調べものをした "typeof()"関…

新年度 不勉強な部分をつぶしておく

Rを使います とりあえず、色々に使えます そうは言っても、「作り〜仕様」の部分を押さえずに使ってきているので、データオブジェクトを参照したりするときに、「どうして、そうなの?」「どうして、これじゃ、うまく行かないの?」ということが多々あり、「…

研究環境の提供

ドイツの友人から、こんなサイトを紹介されました。 研究環境について、復興も大切だけれども、退避する必要のある人もあるかもしれない。 いずれにせよ、情報はあって損はないので。 ドイツから研究者向けの支援プロジェクトのポータルサイト(こちら)

ソースを探す

たとえば: uniroot とすると その関数の中身が出て、その中で val <- .Internal(zeroin2(function(arg) f(arg, ...), lower, upper, f.lower, f.upper, tol, as.integer(maxiter)))となっていて、 .Internal(zeroin2(....))が作業の本体とわかりました。 さ…

'L'のこと

a<-1:10 a[1] a[1.6] a[1.6L] を実行すると > a<-1:10 > a[1] [1] 1 > a[1.6] [1] 1 > a[1.6L] [1] 1 警告メッセージ: 整数リテラル 1.6L は小数を含んでいます. 実数を利用します. > となる。 この"L"に関する記述は、マニュアルのここから抜粋して以下の…

n個のパラメタ

なにかしらに、複数のパラメタが関与していることを予想している どういう風に影響しているのか、かなり検討がつかない 悩んだら、シミュレーションしてみることにする 変数が多いと、格納の仕方も面倒 変数が多いと、個々のパラメタの影響、パラメタ組み合…

メモ

Rで動画 "animation"パッケージ できたアニメーションgifファイルはImageMagickのコマンドラインで,Prezi対応の動画ファイルに変換 掲載図のようなウェブページもできれば、以下のような動画埋め込みPDF(こちら)も convert hoge.gif hoge.mpeglibrary(animat…

講義メモ

医学概論(多因子病態解析2(数理解析))(1回生) イントロ:『医学総論、医学部教育の中の数理・統計学の位置』 本論「医学の色々と統計遺伝学」(スライド) エピローグ:必修と非必修(どうやって『関わるか』)(4回生マイコースガイダンス用資料) 『関わ…

メモ

こちらから 医学部の学生さんが、必修とは違う何かをやろうとしている 自分はそれにどんな寄与ができるのか、と考える 今は実験中 来年度も実験を続ける予定 実験は重要で、楽しい 思うことなど 決して同化しない何かが近くにあることが有為だった 正しいか…

Maxima

こちらから Maximaはフリーの数学アプリケーション ダウンロードはこちらから 以前に使ったときに比べて、ツールバーがずいぶん増えていた たとえば、こちらのチュートリアルにあるような例で V: 4/3 * %pi * r^3; をMaximaの「ノート部分」に貼り付けて 「S…

ひとまず始めるときに

コンピュータを始める環境がそろっていないときに、ひとまず、何から始めるか こんな記事を書いた ひとまず始めるとしたら、このうち、『R』の実習と『TeX』の実習か。 ここまでなら、医学生物学に限らない『一般数理教養』レベルであって、その後の自学の基…

Preziでアニメーション

Preziは動的プレゼンテーションツール はてなではアニメーションgifを使って動画を表示していたが、Preziはアニメーションgifでは動画にならない Flashにする必要があるという Free GIF2SWF ConverterはWindows7でも動いた(20111218) 連番ファイルからアニメ…

prezi

preziというプレゼンテーションツールについての記事を書いたつもりが消していた タイから来た友人が印象的なプレゼンテーションをしていた。 ついつい引き込まれるような、そんなプレゼンだった。 preziのホームページはこちら 別の友人による日本語の簡単…

数式表現 基礎

数式表現に関する注意こちら。 付け加え 「科学技術論文の書き方」(こちら)にリンク・・・とのことなので。 ただ、いったん、トップページに上がると、うまく目的のページに行きつかないので、…Math.phpへのリンクも残させてもらおう トップから、「目次」へ…

中学生・大学学部生と交流して

9月25日(土)に中学生向けのセミナーがあった(こちら) 9月25日‐26日(土‐日)に医学部生との合宿があった 医学部生向けに実施した3コマの講義(2010年度春こちら)は、ぎっしり詰まった医学部カリキュラムの中で、何がしか「統計・数理解析」について使…

記号・フォントの規格

数学記号(WikiJp) 数学定数(WikiJp) JIS規格(こちらのリンクから、検索語"Z8201"で検索 Wolframのページも役に立ちます もちろん、Texも。一般的には、ここから。さらに、実表現に関しては、このページに降りる方が便利かもしれません

オミックスアプローチのリテラシーを上げる

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析作者: 樋口千洋出版社/メーカー: オーム社発売日: 2009/02メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 35回この商品を含むブログ (12件) を見る オミックス関連のオープンソースを広く紹介するととも…

データサンプルとFASTQ

次世代シークエンサーのデータサンプルはこちらから取れるようだ。 ここで使っている配列データファイルの形式がFASTQ形式で、その説明はこちら 短い塩基の連なりとその塩基の一つ一つにクオリティ情報がついている 1塩基に1文字のクオリティ情報をつける…