2005-01-01から1年間の記事一覧
perlでテキストファイルハンドリングして、Ｒの関数を使ってバッチ処理する必要が多い。perlとＲとのやりとりのモジュールなどもあるが、使いにくい。Ｒ処理する際のテキストファイルの基準を固定して、雛形を使いまわすこととする。以下のサンプルは、パー…
Endnoteなどのレファレンスマネージャソフトはエクスポート昨日により、XML形式のファイルが簡単に作れる。この書式に対応したXSLファイルを作ることで、簡単に管理論文のブラウザ表示をすることができる。 実例はこちら 上記サイトの表示は、次の３ファイル…
は複数のを格納している。これらを個別に評価して、特定の名前のみをハンドルする(下記の例では、"Hogeyama, H."さんのみを を用いてボールド体にしている) <xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform"> <xsl:template match="/"> <html> <body> <xsl:apply-templates/> </body> </html> </xsl:template> <…</xsl:stylesheet>
TeXの何が面倒くさいかって、TeX記法に沿ってテキストファイルを書いて、それを「見せる」形にする部分が、「コンパイル」の作業と同様に手続きがあることでしょう。というように、TeX記法であることの宣言を [tex:*****]とするだけで、表示してくれる(とい…
//Fstの計算 //引数はアレル頻度のリストdouble freq[] public static double[] fst(double freq[]){ double fst=0; double sum=0; double mean=0; double var=0; for(int i=0;i
DNA配列の多型性評価のためのソースは：DNA配列のNucleotide Polymorphism (theta)とNucleotide Diversity (pi) - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ
Javaでシミュレーションをするとする。Mersenne-Twisterを使って擬似乱数列を発生させるときの関数(Mersenne Twister and MersenneTwisterFast)は以下の通り。これは、オリジナルMersenne Twister: A random number generator (since 1997/10)をJavaに変換し…
苦労して、グラフにおける縦型探索と横型探索をコードしたのに、ただでJavaコードをダウンロードできるとは・・・。技術評論社のJavaによるアルゴリズム事典(奥村晴彦 著)のサイトはこちら->『Javaによるアルゴリズム事典』サポートページ 縦型探索 /** * 深…
実例 辞書が持つデータの整理を考える。次の要素を持たせる。 漢字でできた単語 個々の漢字 個々のひらがな 各要素に持たせる情報 単語の場合：単語ID、文字、構成漢字、構成ひらがな(読み) 例：『時計』ID=1,文字=時計,構成漢字={時、計},構成ひらがな={と,…
XML、ふまじめにとりくんだことはありましたが、真面目にやるのは初めて。使われているからには、慣れれば楽をさせてもらえると信じて、かじってみる。要するに、 xml形式のファイルを読み込むことと、 読み込んだあと、xmlの規則にのっとってオブジェクトさ…
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MPI(Messsage Passing Interface)とは プロセッサ間でメッセージを交換する方式(インターフェース) 2種 メッセージパッシング方式 データ並列方式 メッセージパッシング方式 2種 MPI(Message Passing Interface) PVM(Parallel Virtual Machine) MPIのインス…
PCクラスタの作り方 PCクラスタとは？ いわゆるパソコン(PC)は、それぞれが単独に動くものだが、それらをネットワークでつないで、１つの処理を実行するように設定したシステムのこと PCクラスタの導入とは 要求計算機性能を満たすハードウェアを手に入れる …
読了しての感想 できなくはないと思わせた、『PCクラスタ超入門2000』 の著者・編者はすばらしい
紹介記事的な構成なので、割愛
グローバルコンピューティングとは 周囲にありほとんど遊んでいるPCを使う PCクラスタは占有的使用を前提としたハードウェア・ソフトウェア構築であるのに対し、グローバルコンピューティングでは、「あいているときだけ、所有者の迷惑にならないような配慮…
並列化にあたって プログラミング対象の中から並列性の高い事象を抽出し並列にプログラミングする すでに1プロセッサ仕様で作られているプログラムを並列コンピュータに移植するべくプログラムしなおすこと=『並列化プログラム』 『並列化プログラム』のこつ…
並列化の例につき割愛 例は熱伝導方程式、遺伝的アルゴリズム
並列計算機の分類 命令系統とデータフローとで４分類する 命令系統１本・データフロー１本 命令系統複数本・データフロー１本 命令系統１本・データフロー複数本 命令系統複数本・データフロー複数本 並列計算機の構成方式 プロセッサ間のデータの授受方式・…
構築各論につき割愛 踏襲するとなったら、丁寧に参照することが有用です
＋ベンチマークとは 計算機システムの性能の計測 ベンチマークの決定因子 個々のパーツの性能 パーツの組み合わせであるノードPCの性能 ノードPCのクラスタリングに伴う諸設定の性能 ベンチマークの種類：尺度はいろいろ マクロベンチマーク(総合評価用ベン…
Diskless Clusterとは 構成 サーバマシン１台と計算マシン複数台 サーバマシンがHDDを持つ、計算マシンは持たない(NFSなどでサーバマシンのHDDを参照する) カーネル・ファイルシステムはサーバマシンのみが持つ ネットワーク負荷が高くなりうる 計算マシンに…
PCクラスタという単語は知っているけれども、その中味について全くしらない状態から、上記242ページの『超入門文書 http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/ 』を読んで、かいつまんで要点化してみる。それにより、新規にPCクラスタを導入する…
あるフレームクラスを作成し、アプリケーション・アプレットを作成するたびに、一部修正しながら使おうと思っている。今回のソースはhttp://d.hatena.ne.jp/ryamada/20050806とつないで使うことを想定している。 http://d.hatena.ne.jp/bioinformatics/20050…
宿題＠http://d.hatena.ne.jp/bioinformatics/20050729 最小構成 実行プログラム(パッケージ、もしくは複数のパッケージの組み合わせ) 実行プログラムを起動するボタンを有するアプレットクラス(ただし、アプリケーションとして実行することも可能とする) ア…
パネルの座標とサイズを指定し、setBoundsで指定し、setBackgroundで色をつけてみました。パネルの座標とサイズは、エクセルを使って、配置デザインをしたうえで、決めました。掲載図は、エクセル、eclipse、java class実行結果画面です。 /* * 作成日: 2005…
本当にフレーム内レイアウトは難しい。GridBagLayoutが解決への道か、と信じて、かなり調べたが、難解だ。相対スケールで思ったようにレイアウトするには、やはり、レイアウトマネージャを使う必要があるのだろうが、もっと手っ取り早く、置きたい場所に置く…
