Python で環境を作ってみる

• 昨日の記事の続き
• ノンパラベイズのパッケージ datamicroscopes-commonとかがパッケージコンフリクトでインストールできなかったので次のように実施
• まず、my_test_envなる新環境を作る。何も指定しないで作る

conda create -n my_test_env

• 以下のように新しい環境が加わった

ryamada@ryamada-CFSX4-1:~$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/ryamada/anaconda3
my_test_env              /home/ryamada/anaconda3/envs/my_test_env

• 次に、この環境内に入ることにする

source activate my_test_env

• プロンプトが以下のように変わる

(my_test_env) ryamada@ryamada-CFSX4-1:~$

• channelを追加する
  • この情報をこちらで確認しておいた

$ conda config --add channels distributions
$ conda config --add channels datamicroscopes

• その上でインストール

$ conda install microscopes-common
$ conda install microscopes-{mixturemodel, irm, lda}

• できた環境をymlに書き出す

conda env export > my_test_env_out2.yml

• それを確認

name: my_test_env
channels:
  - datamicroscopes
  - distributions
  - defaults
dependencies:
  - microscopes-common=0.1.1=np18py27_0
  - ca-certificates=2017.08.26=h1d4fec5_0
  - certifi=2018.1.18=py27_0
  - libedit=3.1=heed3624_0
  - libffi=3.2.1=hd88cf55_4
  - libgcc-ng=7.2.0=hdf63c60_3
  - libgfortran=1.0=0
  - libstdcxx-ng=7.2.0=hdf63c60_3
  - ncurses=6.0=h9df7e31_2
  - numpy=1.8.2=py27_1
  - openssl=1.0.2n=hb7f436b_0
  - pip=9.0.1=py27_5
  - python=2.7.14=h1571d57_30
  - readline=7.0=ha6073c6_4
  - scipy=0.14.0=np18py27_0
  - setuptools=38.5.1=py27_0
  - sqlite=3.22.0=h1bed415_0
  - tk=8.6.7=hc745277_3
  - wheel=0.30.0=py27h2bc6bb2_1
  - zlib=1.2.11=ha838bed_2
  - distributions=2.0.23=np18py27_0
  - libprotobuf=2.5.0=0
  - protobuf=2.5.0=py27_0
  - simplejson=3.3.0=py27_0
  - pip:
    - appdirs==1.4.0
    - backports-abc==0.5
    - backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0
    - bleach==1.5.0
    - configparser==3.5.0
    - decorator==4.0.11
    - entrypoints==0.2.2
    - enum34==1.1.6
    - functools32==3.2.3.post2
    - html5lib==0.9999999
    - ipykernel==4.5.2
    - ipython==5.2.2
    - ipython-genutils==0.1.0
    - ipywidgets==5.2.2
    - jinja2==2.9.5
    - jsonschema==2.6.0
    - jupyter==1.0.0
    - jupyter-client==4.4.0
    - jupyter-console==5.1.0
    - jupyter-core==4.2.1
    - markupsafe==0.23
    - mistune==0.7.3
    - nbconvert==5.1.1
    - nbformat==4.2.0
    - notebook==4.4.1
    - packaging==16.8
    - pandocfilters==1.4.1
    - pathlib2==2.2.1
    - pexpect==4.2.1
    - pickleshare==0.7.4
    - prompt-toolkit==1.0.13
    - ptyprocess==0.5.1
    - pygments==2.2.0
    - pyparsing==2.1.10
    - pyzmq==16.0.2
    - qtconsole==4.2.1
    - scandir==1.4
    - simplegeneric==0.8.1
    - singledispatch==3.4.0.3
    - six==1.10.0
    - terminado==0.6
    - testpath==0.3
    - tornado==4.4.2
    - traitlets==4.3.1
    - wcwidth==0.1.7
    - widgetsnbextension==1.2.6
prefix: /home/ryamada/anaconda3/envs/my_test_env