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JupyterでR

jupyter R
  • 参考
  • python notebookという仕組みがある
  • pythonのコードと説明をマークダウンできれいに書ける。数式もうまく表示できる。hoge.ipynbという拡張子のファイルを配れば、相手もローカルでpython

notebookとして見られるし、github上で開いても見られる(こちら)

  • pythonに限らず、Rでも同様のことができる
  • pythonでやるなら、jupyter notebookについての検索をすれば、設定の仕方などはわかる
  • Rでやるには、pythonでのpython notebookができるようにした後でいくつかのRパッケージをインストールする。普通のパッケージインストールと、githubサイトからのインストールに分かれる
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
# library(devtools)
# install_github('IRkernel/IRkernel') としても同じこと
    • ちなみに、久しぶりにやったら(2018/10/21)、devtoolsが入れられなかった→こちらを参照
    • reprはLaTeXとかの表示用らしく、IRdisplayはjupyterに対応するためのそれらしい。crayonはカラー表示のため、pbdZMQはアプリ間のメッセージのやりとりの効率化のためらしい。devtoolsは色々なユーティリティを提供してくれるRの道具箱(ここではgithubからのR-パッケージIRkernelのインストールのためかもしれない)
    • その上でRのためのkernelをjupyterにつなぐためのパッケージ IRkernelをインストールして、jupyterにRの存在を認識させるための処理installspec()を実行する
    • これでjupyer でRを使ったnotebookが作れるようになる
IRkernel::installspec()
# library(IRkernel)
# installspec() としても同じこと
  • ここまで終わったら、jupyter notebookを起動する。そうすると、新しいノートを作るときに、Rを動かしたノートの作成が選択できる。pythonを動かしたノートの作成が選択できるのと同じやり方
  • もしうまくinstallspec()関数が回らないときは、Anacondaからターミナルを起動し、そこから、R.exeを起動して、立ち上がったRの中でinstallspec()を実行する
    • installspec()でも躓いた。devtoolsパッケージのインストールで"R -i"で起動しないとうまく行かなかったが、そのままinstallspec()すると怒られた。"R"で起動してinstallspec()するとうまくいった