shtools with python in virtualbox (Windows)

python Ubuntu Linux virtualbox

Virtualboxを入れる。ダウンロードして実行するだけ。デフォルトでまわす(こちら)
日本語版、Virtualbox用(仮想ハードディスクイメージ)のUbuntu-remixをダウンロードして展開する(こちら)
こちらを参考にVirtualboxで新規の環境作成をする。仮想マシンに仮想ハードディスク(展開してできた"ubuntu-ja-14.04-desktop-amd64.vhd" virtual hard diskを指定する)
- Virtualからホストのファイルが使いたいこともあるので、ホスト-virtual 共有フォルダを作っておく(こちら)。ホスト側でそのフォルダを(全員にフルコントロールで)共有にしておく。Ubuntu側で sudo chmod 777 hoge としておく。これでも、このディレクトリの中に入るには root ユーザである必要がある。ちなみにroot ユーザになるには su コマンドが必要だがUbuntuにはrootのパスワードが初めはないのでパスワードを設定しておくのもよいかもしれない(こちら)
- とはいえ一般ユーザで使いたいのだが、うまく行かない理由は、vboxsfグループというのが管理しているから。したがってUbuntuでの自分ユーザを、このvboxsf グループに加えておく(こちら)

sudo gpasswd -a ryamada vboxsf

sudo apt-get install python-gtk2-dev
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install swig
sudo apt-get install liblapack-dev

sudo pip install numpy
sudo pip install scipy
sudo pip install matplotlib
sudo pip install ipython
sudo pip install scikit-learn

phshtoolsはFortranでできたshtoolsのpythonラッパー(？)なので、少し工夫が要る
- 以下のg++,gfortranとかは上記までの手続きですでにはいっているかもしれないけれど、blasのdevバージョンとかlapackのdevバージョン、fftw3のdevバージョンとかは追加が必要そう。以下のインストールの引数順序とかも重要そう・・・

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev g++ gfortran libfftw3-dev tcsh
sudo pip install pyshtools

ipython

として立ち上がるipytonで、とやって、エラーが出なければOK(の模様)

import numpy as np
import scipy as sp
import pyshtools sh

Virtual box- ubuntuにRstudioを入れるのはこちら
そうすればRの中からpythonを使うパッケージrPythonを使うこともできる (こちら)
UbuntuでRstudioを立ち上げて、共有しているフォルダの方にRmdファイルを置いて、それをRstudio に開かせる
でもRmdをうまく使うにはRを最新版にする必要があって、そのためには、(こちら)が必要で、そのためには、root権限のファイルを書き換えることが必要で、そのためには、テキストエディタをroot権限で開きたかったりする(こちら)
で、公開鍵の処理とかがある・・・。最終的にはここをなぞればよかったが、sudoをつけるかつけないかは、書かれている通りにすること、とか、プロキシの設定が邪魔をするので(公開鍵サーバとの通信がタイムアウトする)、それを回避して作業する、とか