遺伝学・遺伝統計学関連の姉妹ブログ『ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ』
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Rの関数管理とGithub その２

R Github
  • GitHubを使う
  • GitHubはネット上にある「ファイル置き場」「共同ファイル管理場」
    • したがって、以下の３点が必要
  • GitHubを使ってRコード管理をするための基本作業
    • その「場」を確保する→『Ａ』
    • その「場」にファイルを置くためのローカルＰＣの作業を知る→『Ｂ』
    • 複数のローカルＰＣから「きちんと共同作業をするための作業手順(ひとまず作業者は自分だけ、ただし色々なＰＣからアクセスしたい)」を知る→『Ｃ』
  • 『Ａ』：その「場」を確保する
    • GitHubサイトへ行き、アカウントを作る→作った(公開分(テスト用レポジトリがあるだけ))
    • ファイル置き場は「レポジトリ repository(倉庫)」とよばれる。→の先の+記号を押すと作れる「test」とか「test2」とか「cats」とか作ってみた。もちろん「空(から)」

    • この作ったレポジトリは、ネット上で"https://github.com/ryamada22/test.git"というＵＲＬになっているのだが、それは、以下のキャプチャ画面でわかる。このURLを「クリップボード」にコピーするには、「ボードアイコン」をクリックすればよい。

  • 『Ｂ』：その「場」にファイルを置くためのローカルＰＣの作業を知る
    • ローカルＰＣにはもちろん、置きたいＲのパッケージのディレクトリ構成が必要
    • さて、それを"https://github.com/ryamada22/test.git"というＵＲＬに「アップロード」したい。
      • LINUX,Macでは標準装備のgitコマンドというのがあるらしいが、Windowsにはないので、それを手に入れないといけない。さらに、コマンドラインではなく、ＧＵＩでやろうとすれば、それ用のアプリを入れる必要がある
      • gitコマンドのために入れるべきが、"msysGit"。それの入れ方はこちらを。インストールオプションなどにも気を付けて入れよう
      • GUI用のアプリが"TortoiseGit"。これもこちらを。
    • 一度はうまくいったのだが、まだ、確信はないので、一応、ログ代わりに書き留める
    • testフォルダの中に、Ｒパッケージの一式が下図のようにある

    • さて、このtestフォルダ全体を「アップロード」したい。いわゆるFTPとかみたいにやるのではなく(なさそうで)、２段階ある
      • (1) "Git commit -> "master... ""
        • test フォルダを右クリックするとTortoiseGitが入っていれば、TortoiseGit関係の処理がメニューから選べる状態になっているので、そのうちの"Git commit -> "master..." "を選ぶ

        • Message欄には「何か書く」こと
        • フォルダ全体を入れるには、下図でカーソルがあるところの太字の"all"をクリックする

        • その上で"OK"すると、以下のような進捗ウィンドウが出て終わる。

      • (2) ついでネット上の「倉庫　レポジトリ」にpushする
        • フォルダの右クリックから、TortoiseGitを選び、そのサブメニューからpushを選ぶ(サブメニューが山ほどあって、色々できるのだなー、それなのに、pushしか使い方を覚えなくて大丈夫かなーと少し心配)

        • 選ぶと、以下のようなウィンドウが立ち上がる

        • そうするとレポジトリが以下のようになる


    • できたので、Ｒから、githubにアクセスしてインストールする(諸事情あって、ここでは"cats"というパッケージを作ってとってくる
>library(devtools)
 警告メッセージ: 
 パッケージ ‘devtools’ はバージョン 3.1.2 の R の下で造られました  
> install_github('cats','ryamada22')
Downloading github repo ryamada22/cats@master
Installing cats
"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL  \
  "C:\Users\ryamada\AppData\Local\Temp\RtmpQ5ScLD\devtoolsf486e969dc\ryamada22-cats-7ffeeae"  \
  --library="C:/Users/ryamada/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests 

* installing *source* package 'cats' ...
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
*** arch - x64
* DONE (cats)
 警告メッセージ: 
Username parameter is deprecated. Please use ryamada22/cats 
> help(package="cats")