Rgraphviz

• Graphvizはグラフ視覚化ソフト(こちら)
• RgraphvizはRでGraphvizを使うパッケージ(こちら)
• Graphvizのインストールはこちらを参考に
  • ダウンロード先から"graphviz-2.28.0.msi 16-May-2011 14:48 58M"をダウンロード
  • インストール用のファイルがとれるので、その指示に従ってインストール(Windows 7 64 bit)で滞りなく終了
• Rの方にRgraphvizパッケージを入れる
  • Bioconductorのそれなので、

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("Rgraphviz")

• • とする(こちらを参照)
  • 2種類のRソースファイルがあるので、やってみればよし
  • Rのgraphパッケージのグラフオブジェクトに対応しているようだ(igraphパッケージのグラフオブジェクトとの互換は、隣接行列を介するのがよいだろうか

# gをigraphオブジェクトとする
# graphパッケージのグラフオブジェクトでは、文字列名が必要なので、それをnode.namesとすれば
ad.mat <- as.matrix(get.adjacency(g))
rownames(ad.mat) <- colnames(ad.mat) <- node.names
# graph オブジェクトにして
g1 <- graphAM(adjMat=ad.mat)
# プロットする(Graphvizはまだ使っていない段階(だろう))
plot(g1)