数理生物学を俯瞰する２−３〜生物学・数学カリキュラム３〜

• コンテンツ概要
  • (1) 部分的な情報が得られているときに、生物学的機能ネットワークのをどのようなモデルで説明するのが適当かについて考える問題
  • (2) 生物の多様性は時間経過で生じてきているが、現時点の情報から、過去の変遷とその変遷を特徴づけるルールを推定する問題(リバース・エンジニアリング)
  • (3) DNA配列の多様性と配列の情報配置とその機能発現制御に関する問題
• モジュールトピックス
  • 遺伝子制御とLacオペロンとの離散数学モデル
  • Lacオペロンの代数学モデルと解析学モデルの比較
  • 生化学ネットワークのリバース・エンジニアリング
  • DNA配列とエピジェネシスの進化モデル
  • 代謝パスウェイの化学量論行列を用いた線形代数アプローチ(この記事で言うところの「この世の」事柄は化学量論行列によって表現される、ということに対応していたらしい)
  • 系統樹再構成をグラフ理論、線形代数、現代/多項式代数、組合せ論、線形プログラミング、代数統計を扱う
  • DNA配列・遺伝子・CpG・コドンを対象に偏りの評価を行う(代数幾何学・代数統計学などを用いる)
  • DNA配列にHMMを使う
• こちらに続く