2005-09-16

バッチモード処理のテンプレート

Ｒ

perlでテキストファイルハンドリングして、Ｒの関数を使ってバッチ処理する必要が多い。perlとＲとのやりとりのモジュールなどもあるが、使いにくい。Ｒ処理する際のテキストファイルの基準を固定して、雛形を使いまわすこととする。以下のサンプルは、パールでタブ区切りのテキストファイルを作成した上で、Ｒにそのテキストファイルを読ませ、処理をしたあとに、Ｒからテキストファイルへ書き出させることとし、Ｒの起動をperlからsystem関数で実行する。Ｒのコマンドは、テキストファイルでperlからログ代わりに吐き出させておいたバッチ処理用ファイルとしたものである。
サンプルなので、perlには、簡単な２テキストファイルを作らせ、Ｒにはそれをread.table関数で読ませて、オブジェクトのコピーを作ったあと、それを、write.table関数で書き出させている。
実行に必要なのは、perl、Ｒである。実行により作成されるのは

２枚のＲ入力用テキストファイル("inFile1.txt",inFile2.txt")
Ｒのバッチファイル("batch.r")
２枚のＲ出力ファイル("outFile.txt","outFile2.txt")
Ｒの実行ログファイル("Rbatch.log")

の計６ファイルである。

#!/usr/bin/perl

####
# perlは、Ｒで実行するコマンドの管理をする役割を持たせる
# Ｒで用いる入力データおよび出力データはすべて、テキストファイルとして保存する
# Ｒはバッチモードで実行する
# Ｒのバッチファイルをperlが作成する
# Ｒのバッチモード実行ログをバッチモードで出力する
# Ｒの実行結果はＲからテキストファイルへ保存する
# perlで、Ｒのコマンド文字列を組む
# Ｒをバッチモードで起動する
# 

use strict;

&main(@ARGV);
exit;

=head1 main

 ###########################################################
 #
 #      #main関数
 #
 
=cut

sub main(@){

### 入力ファイル
# perlでのテキストファイルの作成
# Ｒに読ませるファイルとして便宜上フォーマットを統一しておく
# 入力ファイルを適当なディレクトリに適当な名前で作成する
# 入力ファイルは、ハンドリングの便宜上、タブ区切り、ヘッダなしで統一する

open (OUT, ">inFile1.txt");
print (OUT "1\tdef\n2\tcde\n");
close OUT;
open (OUT, ">inFile2.txt");
print (OUT "ABC\t11\nDEF\t22\n");
close OUT;

### Ｒの入力ファイル指定
# 以下のように本 main()で作成したファイルを指定してもよいし、
# あらかじめ作成作成されていたファイルを与えてもよい


my @inFileR= ("inFile1.txt","inFile2.txt");


### 出力ファイル
# Ｒからの出力ファイルを適当なディレクトリ名・ファイル名で指定する
my $RbatchLog="Rbatch.log";
my @outFileR=("outFile1.txt","outFile2.txt");

### Ｒバッチファイルの作成
my $batchFile= "batch.r";#バッチファイル名
my $batch="";#バッチファイルに書き出す文字列変数

### 入力ファイルを入力ファイル名で取り込む部分のコマンド文字列作成
# 入力ファイル名と同名のオブジェクトを作成している

my $input_str="";
for(my $i=0;$i<@inFileR;$i++){
 $input_str .= qq
{
$inFileR[$i] <- read.table("$inFileR[$i]", FALSE, "\\t");
};
}

### Ｒの処理を定義する。その部分の文字列作成
# Ｒ操作の簡単な例として、別名のオブジェクトにコピーしている
my @objR=("inFile1.txt","inFile2.txt");

my $r_process_str="";
for(my $i=0;$i<@objR;$i++){
 $r_process_str .= qq
{
$objR[$i] <- $inFileR[$i]
};
}

### Ｒのオブジェクトをファイルに書き出す部分の文字列作成

my $output_str="";
for(my $i=0;$i<@objR;$i++){
 $output_str .= qq
{
write.table($objR[$i],file="$outFileR[$i]",append=FALSE,quote=FALSE,eol="\\n",sep="\\t",row.names=FALSE,col.names=FALSE)
};
}

### バッチファイルへ書き出す文字列の完成
$batch .= "$input_str";
$batch .= "$r_process_str";
$batch .= "$output_str";

### Batchファイルへの書き出し
open (OUT, ">$batchFile");
print (OUT $batch);
close OUT;

### Ｒのバッチモード実行
system("R CMD BATCH --vanilla --no-save $batchFile $RbatchLog ");

}