Rcpp
練習でたくさんのcppファイルを作ると、sourceCpp("hoge.cpp")が面倒くさくなる ので、ディレクトリの中のcppファイルのリストを作って、一括して処理 library(Rcpp) library(RcppArmadillo) sourceCpp.list <- function(files,silent=TRUE){ for(i in 1:len…
Rcpp Galleryから Calling R Functions from C++ C++内でRの関数を使う #include <Rcpp.h> using namespace Rcpp; // [[Rcpp::export]] NumericVector callFunctionInt2Vector(int x, Function f) { NumericVector res = f(x); return res; } > sourceCpp("callFunct</rcpp.h>…
線形回帰 data(trees, package="datasets") fastLmPure( cbind(1, log(trees$Girth)), log(trees$Volume) ) fastLm( log(Volume) ~ log(Girth), data=trees) lm(log(trees$Volume) ~ log(trees$Girth)) > fastLmPure( cbind(1, log(trees$Girth)), log(trees…
こちらのマハラノビス距離の繰り返し計算でスピードアップの様子を見てみよう cxxfunction()関数を使っている例をsourceCpp()用に書き換えてみる データ型指定はRcpp namespace形式らしい ## Using RcppArmadillo code <- 'arma::mat x = Rcpp::as<arma::mat>(X); arma:</arma::mat>…
Cppの線形代数ライブラリArmadillo sample()をcppにしてみよう。速くはならないけれど、cpp内での処理が可能になる "csample_char.cpp","csample_num.cpp"という関数ファイルを作って、sourceRcpp()する(参考) // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]] #include <RcppArmadilloExtensions/sample.h></rcpparmadilloextensions/sample.h>…
No inputs, scalar output returnOneR <- function(){ return(1) } #include <Rcpp.h> // [[Rcpp::export]] int returnOneCpp(){ return(1); } int add(int, int, int); int returnOneCpp(); > sourceCpp("returnOneCpp.cpp") > returnOneCpp() [1] 1 Scalar input, </rcpp.h>…
こちらのようにRtoolsの導入で躓いたのだが、まあ事なきをえたということでRtoolsが使えるので、こちらのRcpp解説記事をなぞってみます cppFunction()を使う library(Rcpp) cppFunction(' int add(int x, int y, int z) { int sum = x + y + z; return sum; …
Rtoolsを入れるとき、以前は、パスを書き換えますか？と聞いてきたけれど、今は、デフォルトで書き換え、の模様 それで入れてみて再起動を繰り返すも、うまくいかない… 環境変数を覗いてみればちゃんと書き換わっている… 諦めてシャットダウンして翌日立ち上…
ここ数日の記事はC(→C++)とそれを見越してのRcpp Rstudioと連携しての実行、さらにパッケージ化とかに手を染めるが、pathやらコンパイラやらで面倒多し とりあえず、Rstudioを言われた通りにいれる(こんな風に)とその上では、C++ソースをsourceCpp()で使える…
こちらの時代はRcppでのRとC++の連結では、inlineというのを使ってRのコードの中にC++対応のソースを書いて…というやり方だった RcppにsourceCpp()という関数ができて、C++で書いた関数を読み込む、というように変化していた この方が楽 それについてはここ…
こちらにあるように、Rの最新版(R2.15.0で始めたら対応していなかった…R3.0でやり直して成功した)で、Rtoolsを入れて、Rstudioも入れた RstudioのC/C++ファイル作成機能などを使ってやった こちらも参考 注意！ // [[Rcpp::export]] はコメント行かと思った…
こちらにフィボナッチ数列の発生を再帰関数で作る実験をしている 再帰関数がどのような「遅さ」をもたらすかの実験なので、関数自体はシンプル Rでべたに書くと fibR <- function(seq) { if (seq == 0) return(0); if (seq == 1) return(1); return (fibR(se…
RcppはRでC++を使うための橋渡し援助のパッケージ そのRcppが、データや値をRの世界とC++の世界とでやりとりすすために持っている関数を使う例を示したパッケージがRcppExamples(こちら) ついでにRcppのクイック・レファレンス(こちら) 例をみよう Writing R…
Rcppでは行列データをC++内で作ってRのmatrixにして返すことはできるようだが、任意次元のarrayとして返す"Rcpp::Array"というものはないようだ こちら(Cで作業→Rに持ち込み、という形)で３次元の点に色を付けているが、ベクトルで返して、それをアレイに組…
こちらでRcppを使うためにWinGWやMSYSのインストールを、と書いた あるパソコンではうまく行ったが、別のパソコンで同じ手順でやった（つもり）だが、うまく行かないので、調べものをした *ERROR(s) during compilation: source code errors or compiler con…
こちらからの続き ２次元離散拡散シミュレーションができれば、かなりの用が足りる やってみる やってみる上でいくつかのひっかかりが出るので、メモしておく # 行列の世代更新 # 空を作って Rcpp::IntegerMatrix tmpx(2*n1,2*n2); # 写す std::copy(x.begin…
Rcppを使って、乱数を作る話を書いた(こちら) library(Rcpp) library(inline) src<-' RNGScope z; int n=as<int>(N); double m=as<double>(M); return rexp(n, m); ' fx.rexp <- cxxfunction(signature(N="integer",M="numeric"),src,plugin="Rcpp") 上記のsrc これはC++</double></int>…
こちらには、"3.3 Can I use code from the Rmath header and library with Rcpp ? Can I call functions defined in the Rmath header file and the standalone math library for R–as for example the random number generators?" という質問がある Rで使っ…
前の記事でRNGScope()、RNGScope zを試して、それを使わないバージョンも試した fx <- cxxfunction(signature(),'RNGScope();return rnorm(5, 0, 100);',plugin="Rcpp") fx2 <- cxxfunction(signature(),'return rnorm(5, 0, 100);',plugin="Rcpp") fx3 <- c…
こちらからの続き 乱数を発生するシミュレーションをしてみる 基本は一様整数乱数を発生させるrand()と計算機の時刻からシード整数を取るsrand() rand()は規定の大きな整数を最大値とする一様整数乱数を作るので、0-1の実数一様乱数を作るには r = (double)r…
Standard Template LibraryというのはC++の中の仕組みで、std::transformはそのうちの一つであるが、その仕組みを調べる 特に、複数の引数を与えること(複数の返り値を得ること)がどうなっているかについて情報を集める こちら
参考は以下のようにして出るvignett記事の"Using Standard Template Library algorithms" library(Rcpp) library(inline) vignette( "Rcpp-introduction" ) この記事の例題をなぞってみる src <- ' Rcpp::List input(data); Rcpp::Function f(fun); Rcpp::Li…
こちらからの続き RのオブジェクトとC++のそれの対応 R->C++がたくさんある C++->Rは(２行目の)wrap()。(これのみ？) a b c Rcpp::as() used to map SEXP to a C++ object (or proxy) Rcpp::wrap() used to map C++ object to a SEXP Rcpp::List proxy class…
動くソースができたので、少しずつ複雑にしよう ３次元格子から任意次元格子へ library(Rcpp) library(inline) my.body2 <- ' IntegerVector a(A); IntegerVector b(B); int c=as<int>(C);; int n = a.length(); NumericMatrix x(n,c); for(int i=0;i</int>
前の記事でinlineパッケージのcxxfunction()を使ってC++化することを書いた 問題は、cxxfunction()を使えるようになること 語学の勉強なので、「動く言葉」を蒐集してなんとか使えるようになればよいだろう "cxxfunction"をキーワードに検索をかけてリンクを…
RcppはRの(関数を作ったりするときに使う)パッケージでC++を使うためのパッケージ WindowsでRを使っており、ちょっと前作業も必要なので、冬休みくらいに、時間があるときに向いている こちらで書かれているように「むっちゃ速い」ということなので、試して…
